遗传
遺傳
유전
HEREDITAS(BEIJING)
2014年
1期
58-68
,共11页
江香梅%伍艳芳%肖复明%熊振宇%徐海宁
江香梅%伍豔芳%肖複明%熊振宇%徐海寧
강향매%오염방%초복명%웅진우%서해저
樟树%RNA-Seq%基因注释%功能分类%CDS预测
樟樹%RNA-Seq%基因註釋%功能分類%CDS預測
장수%RNA-Seq%기인주석%공능분류%CDS예측
樟树(Cinnamomum camphora )是樟科植物的一个代表种,具有材用、药用、香料、油用和生态环境建设等多种用途.叶精油中富含利用价值极高的樟脑、芳樟醇、1,8-桉叶油素、异-橙花叔醇和右旋龙脑等萜类化合物.依据叶精油中主要成分的种类和含量,可将樟树划分为脑樟、芳樟、油樟、异樟、龙脑樟5种化学类型.文章采用Illumina HiSeq 2000高通量测序技术,对5种化学类型叶片转录组进行测序,对测序得到的所有Unigene进行GO(Gene Ontology)、COG(Clusters of Orthologous Groups)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分类,给出功能注释和Pathway注释,并预测Unigene蛋白编码区(Coding sequence,CDS).De novo组装共获得156 278个Unigene,序列平均长度584 bp,N50(覆盖50%所有核苷酸的最大Unigene长度)为1 023 bp.通过与其他核酸、蛋白数据库的Blast搜索比对,共有55 955条Unigene获得了基因注释,占所有Unigene的35.80%.其中,有24 717条Unigene得到GO注释,有21 806条Unigene得到COG注释.KEGG pathways分析结果表明,共有3 350条基因(10.19%)注释到次生代谢生物合成途径,其中参与单萜、二萜、倍半萜和萜类骨架合成的Unigene有424个.在单萜合成的代谢通路中,有9条Unigene可能编码芳樟醇合成酶基因,且表达分析结果显示,芳樟醇合成酶基因在芳樟化学类型中优势表达,在油樟化学类型中表达水平较低.这些注释信息的完成为樟树功能基因及相关候选基因的发掘提供了基础数据和重要依据.
樟樹(Cinnamomum camphora )是樟科植物的一箇代錶種,具有材用、藥用、香料、油用和生態環境建設等多種用途.葉精油中富含利用價值極高的樟腦、芳樟醇、1,8-桉葉油素、異-橙花叔醇和右鏇龍腦等萜類化閤物.依據葉精油中主要成分的種類和含量,可將樟樹劃分為腦樟、芳樟、油樟、異樟、龍腦樟5種化學類型.文章採用Illumina HiSeq 2000高通量測序技術,對5種化學類型葉片轉錄組進行測序,對測序得到的所有Unigene進行GO(Gene Ontology)、COG(Clusters of Orthologous Groups)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分類,給齣功能註釋和Pathway註釋,併預測Unigene蛋白編碼區(Coding sequence,CDS).De novo組裝共穫得156 278箇Unigene,序列平均長度584 bp,N50(覆蓋50%所有覈苷痠的最大Unigene長度)為1 023 bp.通過與其他覈痠、蛋白數據庫的Blast搜索比對,共有55 955條Unigene穫得瞭基因註釋,佔所有Unigene的35.80%.其中,有24 717條Unigene得到GO註釋,有21 806條Unigene得到COG註釋.KEGG pathways分析結果錶明,共有3 350條基因(10.19%)註釋到次生代謝生物閤成途徑,其中參與單萜、二萜、倍半萜和萜類骨架閤成的Unigene有424箇.在單萜閤成的代謝通路中,有9條Unigene可能編碼芳樟醇閤成酶基因,且錶達分析結果顯示,芳樟醇閤成酶基因在芳樟化學類型中優勢錶達,在油樟化學類型中錶達水平較低.這些註釋信息的完成為樟樹功能基因及相關候選基因的髮掘提供瞭基礎數據和重要依據.
장수(Cinnamomum camphora )시장과식물적일개대표충,구유재용、약용、향료、유용화생태배경건설등다충용도.협정유중부함이용개치겁고적장뇌、방장순、1,8-안협유소、이-등화숙순화우선용뇌등첩류화합물.의거협정유중주요성분적충류화함량,가장장수화분위뇌장、방장、유장、이장、용뇌장5충화학류형.문장채용Illumina HiSeq 2000고통량측서기술,대5충화학류형협편전록조진행측서,대측서득도적소유Unigene진행GO(Gene Ontology)、COG(Clusters of Orthologous Groups)화KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)분류,급출공능주석화Pathway주석,병예측Unigene단백편마구(Coding sequence,CDS).De novo조장공획득156 278개Unigene,서렬평균장도584 bp,N50(복개50%소유핵감산적최대Unigene장도)위1 023 bp.통과여기타핵산、단백수거고적Blast수색비대,공유55 955조Unigene획득료기인주석,점소유Unigene적35.80%.기중,유24 717조Unigene득도GO주석,유21 806조Unigene득도COG주석.KEGG pathways분석결과표명,공유3 350조기인(10.19%)주석도차생대사생물합성도경,기중삼여단첩、이첩、배반첩화첩류골가합성적Unigene유424개.재단첩합성적대사통로중,유9조Unigene가능편마방장순합성매기인,차표체분석결과현시,방장순합성매기인재방장화학류형중우세표체,재유장화학류형중표체수평교저.저사주석신식적완성위장수공능기인급상관후선기인적발굴제공료기출수거화중요의거.
