林业科学
林業科學
임업과학
SCIENTIA SILVAE SINICAE
2013年
6期
30-36
,共7页
邓敏捷%董焱鹏%赵振利%张晓申%范国强
鄧敏捷%董焱鵬%趙振利%張曉申%範國彊
산민첩%동염붕%조진리%장효신%범국강
泡桐%转录组%Illumina高通量测序%从头组装
泡桐%轉錄組%Illumina高通量測序%從頭組裝
포동%전록조%Illumina고통량측서%종두조장
Paulownia%transcriptome%Illumina sequencing%de novo assembly
利用新一代高通量测序技术平台Illumina Solexa对泡桐进行转录组测序和数据de novo组装,并对得到的unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析.结果表明,N50值为2 278 bp、平均长度为1 410 bp的泡桐unigene共有188 019条,将其与NCBI的Nr和Swiss-Prot数据库比对后发现,分别有120 808条和85 880条unigene与其他物种的基因具有同源性.利用COG数据库可将有关的41 914条泡桐unigene分成25类,KEGG数据库分析发现共有43 553个unigene参与215种代谢通路.找到与木质素合成相关的泡桐unigene.
利用新一代高通量測序技術平檯Illumina Solexa對泡桐進行轉錄組測序和數據de novo組裝,併對得到的unigene進行功能註釋、分類及代謝通路分析.結果錶明,N50值為2 278 bp、平均長度為1 410 bp的泡桐unigene共有188 019條,將其與NCBI的Nr和Swiss-Prot數據庫比對後髮現,分彆有120 808條和85 880條unigene與其他物種的基因具有同源性.利用COG數據庫可將有關的41 914條泡桐unigene分成25類,KEGG數據庫分析髮現共有43 553箇unigene參與215種代謝通路.找到與木質素閤成相關的泡桐unigene.
이용신일대고통량측서기술평태Illumina Solexa대포동진행전록조측서화수거de novo조장,병대득도적unigene진행공능주석、분류급대사통로분석.결과표명,N50치위2 278 bp、평균장도위1 410 bp적포동unigene공유188 019조,장기여NCBI적Nr화Swiss-Prot수거고비대후발현,분별유120 808조화85 880조unigene여기타물충적기인구유동원성.이용COG수거고가장유관적41 914조포동unigene분성25류,KEGG수거고분석발현공유43 553개unigene삼여215충대사통로.조도여목질소합성상관적포동unigene.
