热带作物学报
熱帶作物學報
열대작물학보
CHINESE JOURNAL OF TROPICAL CROPS
2014年
4期
746-752
,共7页
欧阳蒲月%刘永亮%王瑛%严振
歐暘蒲月%劉永亮%王瑛%嚴振
구양포월%류영량%왕영%엄진
广藿香%α-淀粉酶%PcAMY1基因%基因克隆%生物信息学分析
廣藿香%α-澱粉酶%PcAMY1基因%基因剋隆%生物信息學分析
엄곽향%α-정분매%PcAMY1기인%기인극륭%생물신식학분석
Pogostemon cablin (Blanco) Benth%Alpha-amylase%PcAMY1 gene%Gene cloning%Bioinformatical analysis
为了解广藿香对淀粉的利用,克隆了广藿香(Pogostemon cablin)的α-淀粉酶(alpha-amylase,AMY)基因,对其进行相关生物信息学分析.搜索本课题组建立的广藿香转录组数据库,获得AMY基因全长序列,并设计全长引物进行PCR验证;利用生物信息学软件对AMY基因进行生物信息学分析.本研究获得的广藿香AMY基因命名为PcAMY1基因(GenBank登录号为KC862311),该基因全长1 420 bp,编码422个氨基酸.基于生物信息软件分析了PcAMY1基因编码蛋白的理化特性.系统进化树分析结果表明,PcAMY1基因与牵牛(Ipomoea nil)的AMY序列同源性最高,与赤豆(Vigna angularis)、菜豆(haseolus vulgaris)、蒺藜苜蓿(Medicago trunc atula)等植物次之,与自然进化关系保持一致.PcAMY1基因在广藿香嫩茎、成熟茎、老茎、嫩叶、成熟叶、老叶中均有表达,但在老茎中表达量最高.成功克隆到广藿香PcA MY1基因,并对其进行相关生物信息学与基因表达分析.
為瞭解廣藿香對澱粉的利用,剋隆瞭廣藿香(Pogostemon cablin)的α-澱粉酶(alpha-amylase,AMY)基因,對其進行相關生物信息學分析.搜索本課題組建立的廣藿香轉錄組數據庫,穫得AMY基因全長序列,併設計全長引物進行PCR驗證;利用生物信息學軟件對AMY基因進行生物信息學分析.本研究穫得的廣藿香AMY基因命名為PcAMY1基因(GenBank登錄號為KC862311),該基因全長1 420 bp,編碼422箇氨基痠.基于生物信息軟件分析瞭PcAMY1基因編碼蛋白的理化特性.繫統進化樹分析結果錶明,PcAMY1基因與牽牛(Ipomoea nil)的AMY序列同源性最高,與赤豆(Vigna angularis)、菜豆(haseolus vulgaris)、蒺藜苜蓿(Medicago trunc atula)等植物次之,與自然進化關繫保持一緻.PcAMY1基因在廣藿香嫩莖、成熟莖、老莖、嫩葉、成熟葉、老葉中均有錶達,但在老莖中錶達量最高.成功剋隆到廣藿香PcA MY1基因,併對其進行相關生物信息學與基因錶達分析.
위료해엄곽향대정분적이용,극륭료엄곽향(Pogostemon cablin)적α-정분매(alpha-amylase,AMY)기인,대기진행상관생물신식학분석.수색본과제조건립적엄곽향전록조수거고,획득AMY기인전장서렬,병설계전장인물진행PCR험증;이용생물신식학연건대AMY기인진행생물신식학분석.본연구획득적엄곽향AMY기인명명위PcAMY1기인(GenBank등록호위KC862311),해기인전장1 420 bp,편마422개안기산.기우생물신식연건분석료PcAMY1기인편마단백적이화특성.계통진화수분석결과표명,PcAMY1기인여견우(Ipomoea nil)적AMY서렬동원성최고,여적두(Vigna angularis)、채두(haseolus vulgaris)、질려목숙(Medicago trunc atula)등식물차지,여자연진화관계보지일치.PcAMY1기인재엄곽향눈경、성숙경、로경、눈협、성숙협、로협중균유표체,단재로경중표체량최고.성공극륭도엄곽향PcA MY1기인,병대기진행상관생물신식학여기인표체분석.
