安徽农业科学
安徽農業科學
안휘농업과학
JOURNAL OF ANHUI AGRICULTURAL SCIENCES
2014年
15期
4587-4590
,共4页
桉树%miRNA%EST
桉樹%miRNA%EST
안수%miRNA%EST
Eucalyptus%miRNA%EST
[目的]识别桉树miRNA基因和寻找与桉树木质形成相关的miRNA,为进一步开展桉树遗传品质改良工作奠定理论基础.[方法]将mirBase数据库中所有植物的3 228条miRNA序列提交到psRobot网站进行茎环结构预测,应用blast-2.2.27+软件与rfam数据库和pfam数据库比对后去除非miRNA序列,并应用bioedit软件分析miRNA序列及前体序列的碱基组成特点.[结果]共计预测到26条miRNA前体序列和19条不同的成熟miRNA序列,并发现桉树miRNA序列在碱基偏倚现象,5'端第1碱基尿嘧啶出现的频率高达52.6％,而在第19碱基胞嘧啶出现频率为61.1％.靶基因预测发现3个与木质形成相关的miRNA.[结论]应用生物信息学方法首次在桉树中预测到了19条成熟miRNA序列,并识别到了3个与木质形成相关的miRNA.
[目的]識彆桉樹miRNA基因和尋找與桉樹木質形成相關的miRNA,為進一步開展桉樹遺傳品質改良工作奠定理論基礎.[方法]將mirBase數據庫中所有植物的3 228條miRNA序列提交到psRobot網站進行莖環結構預測,應用blast-2.2.27+軟件與rfam數據庫和pfam數據庫比對後去除非miRNA序列,併應用bioedit軟件分析miRNA序列及前體序列的堿基組成特點.[結果]共計預測到26條miRNA前體序列和19條不同的成熟miRNA序列,併髮現桉樹miRNA序列在堿基偏倚現象,5'耑第1堿基尿嘧啶齣現的頻率高達52.6％,而在第19堿基胞嘧啶齣現頻率為61.1％.靶基因預測髮現3箇與木質形成相關的miRNA.[結論]應用生物信息學方法首次在桉樹中預測到瞭19條成熟miRNA序列,併識彆到瞭3箇與木質形成相關的miRNA.
[목적]식별안수miRNA기인화심조여안수목질형성상관적miRNA,위진일보개전안수유전품질개량공작전정이론기출.[방법]장mirBase수거고중소유식물적3 228조miRNA서렬제교도psRobot망참진행경배결구예측,응용blast-2.2.27+연건여rfam수거고화pfam수거고비대후거제비miRNA서렬,병응용bioedit연건분석miRNA서렬급전체서렬적감기조성특점.[결과]공계예측도26조miRNA전체서렬화19조불동적성숙miRNA서렬,병발현안수miRNA서렬재감기편의현상,5'단제1감기뇨밀정출현적빈솔고체52.6％,이재제19감기포밀정출현빈솔위61.1％.파기인예측발현3개여목질형성상관적miRNA.[결론]응용생물신식학방법수차재안수중예측도료19조성숙miRNA서렬,병식별도료3개여목질형성상관적miRNA.
