深圳大学学报(理工版)
深圳大學學報(理工版)
심수대학학보(리공판)
JOURNAL OF SHENZHEN UNIVERSITY (SCIENCE & ENGINEERING)
2012年
6期
541-547
,共7页
毕得%肖华军%周翠红%邓小燕%温冬青
畢得%肖華軍%週翠紅%鄧小燕%溫鼕青
필득%초화군%주취홍%산소연%온동청
生物信息学%缺氧%BRB-Array工具%GEO数据库%文本挖掘%差异表达基因%小分子RNA%信号通路%生物学过程
生物信息學%缺氧%BRB-Array工具%GEO數據庫%文本挖掘%差異錶達基因%小分子RNA%信號通路%生物學過程
생물신식학%결양%BRB-Array공구%GEO수거고%문본알굴%차이표체기인%소분자RNA%신호통로%생물학과정
采用BRB-ArrayTools分析GEO数据库中肺和心脏细胞在缺氧环境下不同时间段的差异表达基因,获得肺细胞差异表达基因39个,心脏细胞差异表达基因66个,其中,有部分差异表达基因相同,但更多是不同的响应基因;差异表达基因随缺氧时间延长达到相对稳定.通过GeneCodis聚类这些差异表达基因参与的分子功能和生物学过程,其功能涉及血管生成、NAD+活性、跨膜转运作用、还原酶作用、氧化还原过程及氧化应激等.用本文挖掘找出缺氧调控的microRNA(miRNA),用miTALOS分析缺氧调控miRNA参与的生物信号通路,这些信号通路主要有血管内皮生长因子(vascular endothelial growth-factor,VEGF)受体功能、Wnt和MAPK (mitogen-activated protein kinase)信号通路.结果表明,挖掘和整合生物基因芯片有效信息资源,可为深入研究缺氧效应的分子机理提供新思路.
採用BRB-ArrayTools分析GEO數據庫中肺和心髒細胞在缺氧環境下不同時間段的差異錶達基因,穫得肺細胞差異錶達基因39箇,心髒細胞差異錶達基因66箇,其中,有部分差異錶達基因相同,但更多是不同的響應基因;差異錶達基因隨缺氧時間延長達到相對穩定.通過GeneCodis聚類這些差異錶達基因參與的分子功能和生物學過程,其功能涉及血管生成、NAD+活性、跨膜轉運作用、還原酶作用、氧化還原過程及氧化應激等.用本文挖掘找齣缺氧調控的microRNA(miRNA),用miTALOS分析缺氧調控miRNA參與的生物信號通路,這些信號通路主要有血管內皮生長因子(vascular endothelial growth-factor,VEGF)受體功能、Wnt和MAPK (mitogen-activated protein kinase)信號通路.結果錶明,挖掘和整閤生物基因芯片有效信息資源,可為深入研究缺氧效應的分子機理提供新思路.
채용BRB-ArrayTools분석GEO수거고중폐화심장세포재결양배경하불동시간단적차이표체기인,획득폐세포차이표체기인39개,심장세포차이표체기인66개,기중,유부분차이표체기인상동,단경다시불동적향응기인;차이표체기인수결양시간연장체도상대은정.통과GeneCodis취류저사차이표체기인삼여적분자공능화생물학과정,기공능섭급혈관생성、NAD+활성、과막전운작용、환원매작용、양화환원과정급양화응격등.용본문알굴조출결양조공적microRNA(miRNA),용miTALOS분석결양조공miRNA삼여적생물신호통로,저사신호통로주요유혈관내피생장인자(vascular endothelial growth-factor,VEGF)수체공능、Wnt화MAPK (mitogen-activated protein kinase)신호통로.결과표명,알굴화정합생물기인심편유효신식자원,가위심입연구결양효응적분자궤리제공신사로.