计算机与应用化学
計算機與應用化學
계산궤여응용화학
COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY
2012年
8期
921-926
,共6页
舒茂%路亚阔%张云茹%杨力%林治华
舒茂%路亞闊%張雲茹%楊力%林治華
서무%로아활%장운여%양력%림치화
阳离子抗菌肽%定量构效关系%P-scale%遗传算法%偏最小二乘
暘離子抗菌肽%定量構效關繫%P-scale%遺傳算法%偏最小二乘
양리자항균태%정량구효관계%P-scale%유전산법%편최소이승
本文从氨基酸的结构特征出发,构建了氨基酸结构表征体系,即P-scale(principal component score vector of hydrophobic,electronic,steric,and hydrogen bond physicochemical properties)来源于20种天然氨基酸的113种物理化学性质,通过对其中50个疏水性质,23个电性性质,35个立体性质和5个氢键性质分别进行主成分特征提取而产生.并将P-scale描述子应用于101个阳离子抗菌肽QSAR研究.结果表明,基于遗传算法-偏最小二乘法的QSAR模型具有很好的预测能力,发现抗菌肽序列信息与抗菌效价有很强相关性,其中,阳离子抗菌肽第3残基电性性质,第6、7和12残基立体性质以及第11和12残基的疏水性与抗菌效价呈正相关关系,而第6、10和12残基电性性质则与抗菌效价呈显著的负相关.基于良好QSAR模型,我们设计出高活性抗菌肽序列,为设计分子的合成与活性实验提供借鉴.
本文從氨基痠的結構特徵齣髮,構建瞭氨基痠結構錶徵體繫,即P-scale(principal component score vector of hydrophobic,electronic,steric,and hydrogen bond physicochemical properties)來源于20種天然氨基痠的113種物理化學性質,通過對其中50箇疏水性質,23箇電性性質,35箇立體性質和5箇氫鍵性質分彆進行主成分特徵提取而產生.併將P-scale描述子應用于101箇暘離子抗菌肽QSAR研究.結果錶明,基于遺傳算法-偏最小二乘法的QSAR模型具有很好的預測能力,髮現抗菌肽序列信息與抗菌效價有很彊相關性,其中,暘離子抗菌肽第3殘基電性性質,第6、7和12殘基立體性質以及第11和12殘基的疏水性與抗菌效價呈正相關關繫,而第6、10和12殘基電性性質則與抗菌效價呈顯著的負相關.基于良好QSAR模型,我們設計齣高活性抗菌肽序列,為設計分子的閤成與活性實驗提供藉鑒.
본문종안기산적결구특정출발,구건료안기산결구표정체계,즉P-scale(principal component score vector of hydrophobic,electronic,steric,and hydrogen bond physicochemical properties)래원우20충천연안기산적113충물이화학성질,통과대기중50개소수성질,23개전성성질,35개입체성질화5개경건성질분별진행주성분특정제취이산생.병장P-scale묘술자응용우101개양리자항균태QSAR연구.결과표명,기우유전산법-편최소이승법적QSAR모형구유흔호적예측능력,발현항균태서렬신식여항균효개유흔강상관성,기중,양리자항균태제3잔기전성성질,제6、7화12잔기입체성질이급제11화12잔기적소수성여항균효개정정상관관계,이제6、10화12잔기전성성질칙여항균효개정현저적부상관.기우량호QSAR모형,아문설계출고활성항균태서렬,위설계분자적합성여활성실험제공차감.
