原子与分子物理学报
原子與分子物理學報
원자여분자물이학보
CHINESE JOURNAL OF ATOMIC AND MOLECULAR PHYSICS
2012年
6期
953-959
,共7页
陈建中%梁志强%张庆刚%刘晓阳%王伟%刘进庆
陳建中%樑誌彊%張慶剛%劉曉暘%王偉%劉進慶
진건중%량지강%장경강%류효양%왕위%류진경
分子动力学%MM-PBSA%结合自由能%MDM2%相关矩阵
分子動力學%MM-PBSA%結閤自由能%MDM2%相關矩陣
분자동역학%MM-PBSA%결합자유능%MDM2%상관구진
p53-MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MMPBSA(moleeular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法计算了肽类抑制剂pDI6W与MDM2的结合自由能,结果证明范德华作用是pDI6W与MDM2结合的主要力量.相关矩阵的计算结果表明pDI6W的结合主要诱导了MDM2内部的反相关运动.基于成对残基的自由能分解计算不仅证明pDI6W的5个残基Phe19’,Trp22’,Trp23',Leu26’和Thr27’能够与MDM2产生较强的相互作用,而且确认了CH-π,CH-CH和π-π相互作用驱动了pDI6W在MDM2疏水裂缝中的结合.这为抗癌药物的设计提供了理论上的指导.
p53-MDM2相互作用已經成為治療癌癥藥物設計的重要靶標.本文採用分子動力學模擬和MMPBSA(moleeular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法計算瞭肽類抑製劑pDI6W與MDM2的結閤自由能,結果證明範德華作用是pDI6W與MDM2結閤的主要力量.相關矩陣的計算結果錶明pDI6W的結閤主要誘導瞭MDM2內部的反相關運動.基于成對殘基的自由能分解計算不僅證明pDI6W的5箇殘基Phe19’,Trp22’,Trp23',Leu26’和Thr27’能夠與MDM2產生較彊的相互作用,而且確認瞭CH-π,CH-CH和π-π相互作用驅動瞭pDI6W在MDM2疏水裂縫中的結閤.這為抗癌藥物的設計提供瞭理論上的指導.
p53-MDM2상호작용이경성위치료암증약물설계적중요파표.본문채용분자동역학모의화MMPBSA(moleeular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)방법계산료태류억제제pDI6W여MDM2적결합자유능,결과증명범덕화작용시pDI6W여MDM2결합적주요역량.상관구진적계산결과표명pDI6W적결합주요유도료MDM2내부적반상관운동.기우성대잔기적자유능분해계산불부증명pDI6W적5개잔기Phe19’,Trp22’,Trp23',Leu26’화Thr27’능구여MDM2산생교강적상호작용,이차학인료CH-π,CH-CH화π-π상호작용구동료pDI6W재MDM2소수렬봉중적결합.저위항암약물적설계제공료이론상적지도.
