医学分子生物学杂志
醫學分子生物學雜誌
의학분자생물학잡지
FOREIGN MEDICAL SCIENCES
2013年
1期
41-46
,共6页
赵辉%曹峰林%宁尚伟%王乐天%宿滨%李霞
趙輝%曹峰林%寧尚偉%王樂天%宿濱%李霞
조휘%조봉림%저상위%왕악천%숙빈%리하
转录组测序%曲线拟合%信息熵%聚类分析
轉錄組測序%麯線擬閤%信息熵%聚類分析
전록조측서%곡선의합%신식적%취류분석
目的 转录组测序技术为研究特定组织细胞生理状态和分子水平变化提供有力方法.为了建立分子水平变化和组织细胞生理功能之间的关系并排除随机因素的干扰,需要建立基于系列RNA-seq数据的表达模式分析方法.方法 本文提出了一种整合的方法(gene expression cluster method,GECluster)用于对系列样本模式聚类.整合曲线拟合以及信息熵建立模型并提取特征属性,最后按照上面模型提供的特征属性对基因进行层次聚类分析.结果 表达趋势一致的基因被很好地聚到一个类别中,功能富集分析发现这些基因具有很强的功能相关性,并与文献报道相吻合.结论 GECluster可以更灵活客观对多样本系列RNA-seq数据挖掘共表达基因,为后期功能分析提供了更有效的研究方案.
目的 轉錄組測序技術為研究特定組織細胞生理狀態和分子水平變化提供有力方法.為瞭建立分子水平變化和組織細胞生理功能之間的關繫併排除隨機因素的榦擾,需要建立基于繫列RNA-seq數據的錶達模式分析方法.方法 本文提齣瞭一種整閤的方法(gene expression cluster method,GECluster)用于對繫列樣本模式聚類.整閤麯線擬閤以及信息熵建立模型併提取特徵屬性,最後按照上麵模型提供的特徵屬性對基因進行層次聚類分析.結果 錶達趨勢一緻的基因被很好地聚到一箇類彆中,功能富集分析髮現這些基因具有很彊的功能相關性,併與文獻報道相吻閤.結論 GECluster可以更靈活客觀對多樣本繫列RNA-seq數據挖掘共錶達基因,為後期功能分析提供瞭更有效的研究方案.
목적 전록조측서기술위연구특정조직세포생리상태화분자수평변화제공유력방법.위료건립분자수평변화화조직세포생리공능지간적관계병배제수궤인소적간우,수요건립기우계렬RNA-seq수거적표체모식분석방법.방법 본문제출료일충정합적방법(gene expression cluster method,GECluster)용우대계렬양본모식취류.정합곡선의합이급신식적건립모형병제취특정속성,최후안조상면모형제공적특정속성대기인진행층차취류분석.결과 표체추세일치적기인피흔호지취도일개유별중,공능부집분석발현저사기인구유흔강적공능상관성,병여문헌보도상문합.결론 GECluster가이경령활객관대다양본계렬RNA-seq수거알굴공표체기인,위후기공능분석제공료경유효적연구방안.
