生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2013年
1期
58-64
,共7页
龙传南%蒋凤姣%邬小兵%刘健%龙敏南
龍傳南%蔣鳳姣%鄔小兵%劉健%龍敏南
룡전남%장봉교%오소병%류건%룡민남
东方肉座菌%木聚糖酶%木糖苷酶%基因克隆%生物信息学
東方肉座菌%木聚糖酶%木糖苷酶%基因剋隆%生物信息學
동방육좌균%목취당매%목당감매%기인극륭%생물신식학
东方肉座菌EU7-22具有高产半纤维素酶的能力.根据已报道的同属里氏木霉及绿色木霉木聚糖酶,木糖苷酶相关基因序列,设计PCR引物扩增出东方肉座菌内切木聚糖酶(XYN Ⅰ,XYNⅡ)及β-木糖苷酶(β-BXL)基因.序列经NCBIBlast分析:东方肉座菌xyn Ⅰ基因与里氏木霉xynl基因(X69573.1)的同源性最高达到91％；xynⅡ基因与绿色木霉xyn2基因(EF079061)同源性最高达到93％；β-bxl基因与里氏木霉β-bxll基因(Z69257.1)的同源性最高达到94％.生物信息学分析表明内切木聚糖酶Ⅰ和Ⅱ均属于糖基水解酶家族11,N末端前19个氨基酸均为信号肽.内切木聚糖酶Ⅰ分子量为24.13kD,等电点为7.87,含有3个糖基化位点；内切木聚糖酶Ⅱ分子量为24.44 kD,等电点为4.86,含有1个糖基化位点；β-木糖苷酶属于糖基水解酶家族3,分子量为87.27 kD,等电点为5.49,N末端前20个氨基酸为信号肽,含有8个糖基化位点.利用SWISS-Model对木聚糖酶,木糖苷酶蛋白质三级结构进行了预测和模拟.对木聚糖酶和木糖苷酶基因及其编码蛋白质的生物信息学分析,为进一步研究这些基因的表达与调控、构建高效利用纤维素组份的工程菌株奠定基础.
東方肉座菌EU7-22具有高產半纖維素酶的能力.根據已報道的同屬裏氏木黴及綠色木黴木聚糖酶,木糖苷酶相關基因序列,設計PCR引物擴增齣東方肉座菌內切木聚糖酶(XYN Ⅰ,XYNⅡ)及β-木糖苷酶(β-BXL)基因.序列經NCBIBlast分析:東方肉座菌xyn Ⅰ基因與裏氏木黴xynl基因(X69573.1)的同源性最高達到91％；xynⅡ基因與綠色木黴xyn2基因(EF079061)同源性最高達到93％；β-bxl基因與裏氏木黴β-bxll基因(Z69257.1)的同源性最高達到94％.生物信息學分析錶明內切木聚糖酶Ⅰ和Ⅱ均屬于糖基水解酶傢族11,N末耑前19箇氨基痠均為信號肽.內切木聚糖酶Ⅰ分子量為24.13kD,等電點為7.87,含有3箇糖基化位點；內切木聚糖酶Ⅱ分子量為24.44 kD,等電點為4.86,含有1箇糖基化位點；β-木糖苷酶屬于糖基水解酶傢族3,分子量為87.27 kD,等電點為5.49,N末耑前20箇氨基痠為信號肽,含有8箇糖基化位點.利用SWISS-Model對木聚糖酶,木糖苷酶蛋白質三級結構進行瞭預測和模擬.對木聚糖酶和木糖苷酶基因及其編碼蛋白質的生物信息學分析,為進一步研究這些基因的錶達與調控、構建高效利用纖維素組份的工程菌株奠定基礎.
동방육좌균EU7-22구유고산반섬유소매적능력.근거이보도적동속리씨목매급록색목매목취당매,목당감매상관기인서렬,설계PCR인물확증출동방육좌균내절목취당매(XYN Ⅰ,XYNⅡ)급β-목당감매(β-BXL)기인.서렬경NCBIBlast분석:동방육좌균xyn Ⅰ기인여리씨목매xynl기인(X69573.1)적동원성최고체도91％；xynⅡ기인여록색목매xyn2기인(EF079061)동원성최고체도93％；β-bxl기인여리씨목매β-bxll기인(Z69257.1)적동원성최고체도94％.생물신식학분석표명내절목취당매Ⅰ화Ⅱ균속우당기수해매가족11,N말단전19개안기산균위신호태.내절목취당매Ⅰ분자량위24.13kD,등전점위7.87,함유3개당기화위점；내절목취당매Ⅱ분자량위24.44 kD,등전점위4.86,함유1개당기화위점；β-목당감매속우당기수해매가족3,분자량위87.27 kD,등전점위5.49,N말단전20개안기산위신호태,함유8개당기화위점.이용SWISS-Model대목취당매,목당감매단백질삼급결구진행료예측화모의.대목취당매화목당감매기인급기편마단백질적생물신식학분석,위진일보연구저사기인적표체여조공、구건고효이용섬유소조빈적공정균주전정기출.
