生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2013年
1期
16-21
,共6页
邢龙生%李娟%方慧生%陈凯先
邢龍生%李娟%方慧生%陳凱先
형룡생%리연%방혜생%진개선
profile-profile比对%结构预测%远距离同源模板%PSI-BLAST
profile-profile比對%結構預測%遠距離同源模闆%PSI-BLAST
profile-profile비대%결구예측%원거리동원모판%PSI-BLAST
基于模板的模建方法是蛋白质结构预测领域中最为准确有效的方法,该类方法的成功与否对模板质量的要求较高.为待预测序列找寻合适的模板,本文提出了一种profile-profile比对的方法将查询序列同模板库中的已知结构蛋白进行比对,然后根据比对结果的Z-score得分高低顺序挑选出合适的模板.结果表明:本文的profile-profile比对方法在测试集上的性能明显优于PSI-BLAST,相比PSI-BLAST在测试集上的准确度提高了约14.3％,配对t检验的结果表明准确度的提高具有统计显著性.从而得出如下结论:本文的profile-profile比对方法可以用于为序列相似性较低的待预测序列搜索远距离同源模板,并用于指导后续的三级结构预测.
基于模闆的模建方法是蛋白質結構預測領域中最為準確有效的方法,該類方法的成功與否對模闆質量的要求較高.為待預測序列找尋閤適的模闆,本文提齣瞭一種profile-profile比對的方法將查詢序列同模闆庫中的已知結構蛋白進行比對,然後根據比對結果的Z-score得分高低順序挑選齣閤適的模闆.結果錶明:本文的profile-profile比對方法在測試集上的性能明顯優于PSI-BLAST,相比PSI-BLAST在測試集上的準確度提高瞭約14.3％,配對t檢驗的結果錶明準確度的提高具有統計顯著性.從而得齣如下結論:本文的profile-profile比對方法可以用于為序列相似性較低的待預測序列搜索遠距離同源模闆,併用于指導後續的三級結構預測.
기우모판적모건방법시단백질결구예측영역중최위준학유효적방법,해류방법적성공여부대모판질량적요구교고.위대예측서렬조심합괄적모판,본문제출료일충profile-profile비대적방법장사순서렬동모판고중적이지결구단백진행비대,연후근거비대결과적Z-score득분고저순서도선출합괄적모판.결과표명:본문적profile-profile비대방법재측시집상적성능명현우우PSI-BLAST,상비PSI-BLAST재측시집상적준학도제고료약14.3％,배대t검험적결과표명준학도적제고구유통계현저성.종이득출여하결론:본문적profile-profile비대방법가이용우위서렬상사성교저적대예측서렬수색원거리동원모판,병용우지도후속적삼급결구예측.
