林业科学
林業科學
임업과학
SCIENTIA SILVAE SINICAE
2013年
4期
90-97
,共8页
胡佳续%宋传生%林彩丽%耿显胜%田国忠
鬍佳續%宋傳生%林綵麗%耿顯勝%田國忠
호가속%송전생%림채려%경현성%전국충
植原体%质粒%序列分析%系统进化分析
植原體%質粒%序列分析%繫統進化分析
식원체%질립%서렬분석%계통진화분석
根据已发表植原体质粒序列设计引物,经2次PCR扩增,获得大小不同的2段DNA片段,测序后拼接得到4种完整的环状质粒,分别是桑树萎缩植原体濮阳株系质粒(pMDPy)、长春花绿变植原体海南株系质粒(pPeVHn)、泡桐丛枝植原体山东株系质粒(pPaWBG33D)及苦楝丛枝植原体福清株系质粒(pCWBFq-2),其中pMDPy为首次测定,其质粒全长分别为3 833,3 943,3 843和3 913 bp,4种质粒皆编码5种蛋白,ORF1和ORF5分别编码复制相关蛋白(RepA)和单链DNA结合蛋白(SSB),ORF2-4编码未知功能蛋白.4种质粒序列的非编码区分析表明,ORF1和ORF2之间的非编码区存在启动子和核糖体结合位点.将4种植原体质粒全序列与GenBank中登录的植原体质粒进行序列相似性比对和系统进化分析,结果表明这4种质粒与其他16Sr Ⅰ组的质粒聚为一个大的分支,与16S rDNA系统发育树基本一致.这可为进一步深入了解不同植原体质粒的结构与功能、寄主专化性和质粒基因变异及进化奠定基础,也可为基于多基因分类鉴定提供新的理论依据.
根據已髮錶植原體質粒序列設計引物,經2次PCR擴增,穫得大小不同的2段DNA片段,測序後拼接得到4種完整的環狀質粒,分彆是桑樹萎縮植原體濮暘株繫質粒(pMDPy)、長春花綠變植原體海南株繫質粒(pPeVHn)、泡桐叢枝植原體山東株繫質粒(pPaWBG33D)及苦楝叢枝植原體福清株繫質粒(pCWBFq-2),其中pMDPy為首次測定,其質粒全長分彆為3 833,3 943,3 843和3 913 bp,4種質粒皆編碼5種蛋白,ORF1和ORF5分彆編碼複製相關蛋白(RepA)和單鏈DNA結閤蛋白(SSB),ORF2-4編碼未知功能蛋白.4種質粒序列的非編碼區分析錶明,ORF1和ORF2之間的非編碼區存在啟動子和覈糖體結閤位點.將4種植原體質粒全序列與GenBank中登錄的植原體質粒進行序列相似性比對和繫統進化分析,結果錶明這4種質粒與其他16Sr Ⅰ組的質粒聚為一箇大的分支,與16S rDNA繫統髮育樹基本一緻.這可為進一步深入瞭解不同植原體質粒的結構與功能、寄主專化性和質粒基因變異及進化奠定基礎,也可為基于多基因分類鑒定提供新的理論依據.
근거이발표식원체질립서렬설계인물,경2차PCR확증,획득대소불동적2단DNA편단,측서후병접득도4충완정적배상질립,분별시상수위축식원체복양주계질립(pMDPy)、장춘화록변식원체해남주계질립(pPeVHn)、포동총지식원체산동주계질립(pPaWBG33D)급고련총지식원체복청주계질립(pCWBFq-2),기중pMDPy위수차측정,기질립전장분별위3 833,3 943,3 843화3 913 bp,4충질립개편마5충단백,ORF1화ORF5분별편마복제상관단백(RepA)화단련DNA결합단백(SSB),ORF2-4편마미지공능단백.4충질립서렬적비편마구분석표명,ORF1화ORF2지간적비편마구존재계동자화핵당체결합위점.장4충식원체질립전서렬여GenBank중등록적식원체질립진행서렬상사성비대화계통진화분석,결과표명저4충질립여기타16Sr Ⅰ조적질립취위일개대적분지,여16S rDNA계통발육수기본일치.저가위진일보심입료해불동식원체질립적결구여공능、기주전화성화질립기인변이급진화전정기출,야가위기우다기인분류감정제공신적이론의거.
