计算机研究与发展
計算機研究與髮展
계산궤연구여발전
JOURNAL OF COMPUTER RESEARCH AND DEVELOPMENT
2013年
2期
445-452
,共8页
田逢春%王世元%王嘉%刘晓
田逢春%王世元%王嘉%劉曉
전봉춘%왕세원%왕가%류효
RNA二级结构%相似性分析%图形表示%符号动力学%离散傅里叶变换
RNA二級結構%相似性分析%圖形錶示%符號動力學%離散傅裏葉變換
RNA이급결구%상사성분석%도형표시%부호동역학%리산부리협변환
基于符号动力学原理,提出了一种新的RNA二级结构序列的图形表示方法.通过生物信息和自由能两种信息,该图形表示方法将RNA二级结构序列中的自由基和碱基对分别映射成两类时间序列.这种映射方法不仅能够在转换过程中不丢失任何数据信息,而且在二维图形中也能够清楚地识别配对碱基所在的区域.基于该图形表示方法对二级结构的表示结果构建特征矩阵.进一步由该特征矩阵的最大特征值组成用于相似性分析的向量.采用新的相似性分析方法,分别从时域和频域对不同病毒在3’末端的RNA二级结构序列集合进行定性和定量的相似度分析.仿真结果表明,该方法能够有效地实现RNA二级结构序列的相似度分析.与其他方法相比,新方法所得结果中数值差值较大,有利于区分不同物种.
基于符號動力學原理,提齣瞭一種新的RNA二級結構序列的圖形錶示方法.通過生物信息和自由能兩種信息,該圖形錶示方法將RNA二級結構序列中的自由基和堿基對分彆映射成兩類時間序列.這種映射方法不僅能夠在轉換過程中不丟失任何數據信息,而且在二維圖形中也能夠清楚地識彆配對堿基所在的區域.基于該圖形錶示方法對二級結構的錶示結果構建特徵矩陣.進一步由該特徵矩陣的最大特徵值組成用于相似性分析的嚮量.採用新的相似性分析方法,分彆從時域和頻域對不同病毒在3’末耑的RNA二級結構序列集閤進行定性和定量的相似度分析.倣真結果錶明,該方法能夠有效地實現RNA二級結構序列的相似度分析.與其他方法相比,新方法所得結果中數值差值較大,有利于區分不同物種.
기우부호동역학원리,제출료일충신적RNA이급결구서렬적도형표시방법.통과생물신식화자유능량충신식,해도형표시방법장RNA이급결구서렬중적자유기화감기대분별영사성량류시간서렬.저충영사방법불부능구재전환과정중불주실임하수거신식,이차재이유도형중야능구청초지식별배대감기소재적구역.기우해도형표시방법대이급결구적표시결과구건특정구진.진일보유해특정구진적최대특정치조성용우상사성분석적향량.채용신적상사성분석방법,분별종시역화빈역대불동병독재3’말단적RNA이급결구서렬집합진행정성화정량적상사도분석.방진결과표명,해방법능구유효지실현RNA이급결구서렬적상사도분석.여기타방법상비,신방법소득결과중수치차치교대,유리우구분불동물충.
