中文信息学报
中文信息學報
중문신식학보
JOURNAL OF CHINESE INFORMAITON PROCESSING
2013年
1期
86-92,128
,共8页
蛋白质交互关系抽取%SVM%树核%组合核%修剪策略
蛋白質交互關繫抽取%SVM%樹覈%組閤覈%脩剪策略
단백질교호관계추취%SVM%수핵%조합핵%수전책략
蛋白质交互关系(PPI)抽取是生物医学信息抽取领域的一个重要部分,具有很高的应用价值和实际意义.该文使用一种基于SVM的组合核方法进行蛋白质关系抽取,将基于特征的平面核和基于结构的卷积树核组合.一棵完整的句法解析树中包含了较多噪声,需对其修剪以提高PPI抽取效果.首先讨论不同的树的剪裁策略对实验结果的影响,分别使用完全树、最小完全树、最小树和最短路径闭包树进行实验,最短路径闭包树效果最好;然后在最短路径闭包树的基础上提出一种动态拓展树,该树取得了明显优于其他解析树的效果.最后基于组合核在AIMED上进行10倍交叉实验,精确率、召回率和F值分别达到了82.40%、51.30%和63.23%.
蛋白質交互關繫(PPI)抽取是生物醫學信息抽取領域的一箇重要部分,具有很高的應用價值和實際意義.該文使用一種基于SVM的組閤覈方法進行蛋白質關繫抽取,將基于特徵的平麵覈和基于結構的捲積樹覈組閤.一棵完整的句法解析樹中包含瞭較多譟聲,需對其脩剪以提高PPI抽取效果.首先討論不同的樹的剪裁策略對實驗結果的影響,分彆使用完全樹、最小完全樹、最小樹和最短路徑閉包樹進行實驗,最短路徑閉包樹效果最好;然後在最短路徑閉包樹的基礎上提齣一種動態拓展樹,該樹取得瞭明顯優于其他解析樹的效果.最後基于組閤覈在AIMED上進行10倍交扠實驗,精確率、召迴率和F值分彆達到瞭82.40%、51.30%和63.23%.
단백질교호관계(PPI)추취시생물의학신식추취영역적일개중요부분,구유흔고적응용개치화실제의의.해문사용일충기우SVM적조합핵방법진행단백질관계추취,장기우특정적평면핵화기우결구적권적수핵조합.일과완정적구법해석수중포함료교다조성,수대기수전이제고PPI추취효과.수선토론불동적수적전재책략대실험결과적영향,분별사용완전수、최소완전수、최소수화최단로경폐포수진행실험,최단로경폐포수효과최호;연후재최단로경폐포수적기출상제출일충동태탁전수,해수취득료명현우우기타해석수적효과.최후기우조합핵재AIMED상진행10배교차실험,정학솔、소회솔화F치분별체도료82.40%、51.30%화63.23%.