华北农学报
華北農學報
화북농학보
ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA
2013年
1期
1-6
,共6页
张曼%羊杏平%徐锦华%刘广%姚协丰%李苹芳
張曼%羊杏平%徐錦華%劉廣%姚協豐%李蘋芳
장만%양행평%서금화%류엄%요협봉%리평방
西瓜%防御素%基因进化%生物信息学
西瓜%防禦素%基因進化%生物信息學
서과%방어소%기인진화%생물신식학
为明确西瓜防御素基因(ClPDF)的结构和功能,采用生物信息学方法对西瓜防御素基因进行了详细的全基因组挖掘和序列分析.结果表明,从西瓜基因组中共获得7个防御素基因,ClPDFs基因编码的氨基酸序列都含有高度保守的8个半胱氨酸、1个甘氨酸、1个丝氨酸和1个芳香族氨基酸残基.分析发现,ClPDFs基因在理化性质上有一定的差异.系统进化分析说明,ClPDFs与拟南芥PDF2基因家族聚为一类.二级结构预测结果说明,所有ClPDFs序列均以不规则卷曲为主要组成元件,在延伸链和α-螺旋组成上存在差异.信号肽和跨膜结构预测结果相似,仅有1条序列无信号肽,1条序列有跨膜区,而其他序列都含有信号肽、无跨膜区.证明了西瓜防御素基因为多基因家族,都含有高度保守的结构域,但在结构上西瓜防御素基因差异较大,为进一步探讨西瓜防御素ClPDFs的生物功能奠定了基础.
為明確西瓜防禦素基因(ClPDF)的結構和功能,採用生物信息學方法對西瓜防禦素基因進行瞭詳細的全基因組挖掘和序列分析.結果錶明,從西瓜基因組中共穫得7箇防禦素基因,ClPDFs基因編碼的氨基痠序列都含有高度保守的8箇半胱氨痠、1箇甘氨痠、1箇絲氨痠和1箇芳香族氨基痠殘基.分析髮現,ClPDFs基因在理化性質上有一定的差異.繫統進化分析說明,ClPDFs與擬南芥PDF2基因傢族聚為一類.二級結構預測結果說明,所有ClPDFs序列均以不規則捲麯為主要組成元件,在延伸鏈和α-螺鏇組成上存在差異.信號肽和跨膜結構預測結果相似,僅有1條序列無信號肽,1條序列有跨膜區,而其他序列都含有信號肽、無跨膜區.證明瞭西瓜防禦素基因為多基因傢族,都含有高度保守的結構域,但在結構上西瓜防禦素基因差異較大,為進一步探討西瓜防禦素ClPDFs的生物功能奠定瞭基礎.
위명학서과방어소기인(ClPDF)적결구화공능,채용생물신식학방법대서과방어소기인진행료상세적전기인조알굴화서렬분석.결과표명,종서과기인조중공획득7개방어소기인,ClPDFs기인편마적안기산서렬도함유고도보수적8개반광안산、1개감안산、1개사안산화1개방향족안기산잔기.분석발현,ClPDFs기인재이화성질상유일정적차이.계통진화분석설명,ClPDFs여의남개PDF2기인가족취위일류.이급결구예측결과설명,소유ClPDFs서렬균이불규칙권곡위주요조성원건,재연신련화α-라선조성상존재차이.신호태화과막결구예측결과상사,부유1조서렬무신호태,1조서렬유과막구,이기타서렬도함유신호태、무과막구.증명료서과방어소기인위다기인가족,도함유고도보수적결구역,단재결구상서과방어소기인차이교대,위진일보탐토서과방어소ClPDFs적생물공능전정료기출.
