华东师范大学学报（自然科学版）
華東師範大學學報（自然科學版）
화동사범대학학보（자연과학판）
JOURNAL OF EAST CHINA NORMAL UNIVERSITY(NATURAL SCIENCE)
2012年
3期
154-160,170
,共8页
miRNA%大鼠%生物信息学%同源性搜索
miRNA%大鼠%生物信息學%同源性搜索
miRNA%대서%생물신식학%동원성수색
大鼠已公布的mieroRNA(miRNA)数量明显少于小鼠及人miRNA的数量.本文采用同源搜索的计算方法预测大鼠新的miRNA.从miRBase数据库中下载已知动物的pre-miRNAs,在UCSC数据库中对大鼠的全基因组序列进行了Blat分析,并根据miRNAs的筛选标准,获得45条新的大鼠miRNAs;随后随机选取其中的9条新miRNAs进行RT-PCR实验验证,发现大部分miRNAs在脑、心、肺、肾、肌肉、脾、睾丸和肝8种组织中均有表达.在此基础上,对预测的新miRNAs进行了miRNA成簇分析和miRNA基因家族分析.
大鼠已公佈的mieroRNA(miRNA)數量明顯少于小鼠及人miRNA的數量.本文採用同源搜索的計算方法預測大鼠新的miRNA.從miRBase數據庫中下載已知動物的pre-miRNAs,在UCSC數據庫中對大鼠的全基因組序列進行瞭Blat分析,併根據miRNAs的篩選標準,穫得45條新的大鼠miRNAs;隨後隨機選取其中的9條新miRNAs進行RT-PCR實驗驗證,髮現大部分miRNAs在腦、心、肺、腎、肌肉、脾、睪汍和肝8種組織中均有錶達.在此基礎上,對預測的新miRNAs進行瞭miRNA成簇分析和miRNA基因傢族分析.
대서이공포적mieroRNA(miRNA)수량명현소우소서급인miRNA적수량.본문채용동원수색적계산방법예측대서신적miRNA.종miRBase수거고중하재이지동물적pre-miRNAs,재UCSC수거고중대대서적전기인조서렬진행료Blat분석,병근거miRNAs적사선표준,획득45조신적대서miRNAs;수후수궤선취기중적9조신miRNAs진행RT-PCR실험험증,발현대부분miRNAs재뇌、심、폐、신、기육、비、고환화간8충조직중균유표체.재차기출상,대예측적신miRNAs진행료miRNA성족분석화miRNA기인가족분석.
