海洋科学进展
海洋科學進展
해양과학진전
JOURNAL OF OCEANOGRAPHY OF HUANGHAI & BOHAI SEAS
2012年
4期
587-594
,共8页
长囊水云%叶绿体基因组%密码子使用偏性%最优密码子
長囊水雲%葉綠體基因組%密碼子使用偏性%最優密碼子
장낭수운%협록체기인조%밀마자사용편성%최우밀마자
长囊水云(Ectocarpus siliculosus)是一种重要的海洋褐藻,是褐藻研究的模式生物.以其叶绿体全基因组序列为基础,对密码子使用特征进行分析.结果显示,叶绿体基因组的GC尤其是GC3值较低,分别为31.8％和17.32％,偏向使用以A或T碱基结尾的密码子；全基因组具有较小的有效密码子数(ENC)值和较高的密码子适应指数(CAI)值,表明其具有较高的同义密码子使用偏性；密码子使用特征受到基因表达水平上的自然选择以及基因碱基组成中性突变的双重影响,其中选择的作用对高表达基因密码子使用偏性的影响比较突出,而突变是低表达基因密码子使用偏性的主要影响因素.另外,首次确定UUU,GUU,UCA等12个密码子为长囊水云叶绿体基因组的最优密码子.
長囊水雲(Ectocarpus siliculosus)是一種重要的海洋褐藻,是褐藻研究的模式生物.以其葉綠體全基因組序列為基礎,對密碼子使用特徵進行分析.結果顯示,葉綠體基因組的GC尤其是GC3值較低,分彆為31.8％和17.32％,偏嚮使用以A或T堿基結尾的密碼子；全基因組具有較小的有效密碼子數(ENC)值和較高的密碼子適應指數(CAI)值,錶明其具有較高的同義密碼子使用偏性；密碼子使用特徵受到基因錶達水平上的自然選擇以及基因堿基組成中性突變的雙重影響,其中選擇的作用對高錶達基因密碼子使用偏性的影響比較突齣,而突變是低錶達基因密碼子使用偏性的主要影響因素.另外,首次確定UUU,GUU,UCA等12箇密碼子為長囊水雲葉綠體基因組的最優密碼子.
장낭수운(Ectocarpus siliculosus)시일충중요적해양갈조,시갈조연구적모식생물.이기협록체전기인조서렬위기출,대밀마자사용특정진행분석.결과현시,협록체기인조적GC우기시GC3치교저,분별위31.8％화17.32％,편향사용이A혹T감기결미적밀마자；전기인조구유교소적유효밀마자수(ENC)치화교고적밀마자괄응지수(CAI)치,표명기구유교고적동의밀마자사용편성；밀마자사용특정수도기인표체수평상적자연선택이급기인감기조성중성돌변적쌍중영향,기중선택적작용대고표체기인밀마자사용편성적영향비교돌출,이돌변시저표체기인밀마자사용편성적주요영향인소.령외,수차학정UUU,GUU,UCA등12개밀마자위장낭수운협록체기인조적최우밀마자.
