大连交通大学学报
大連交通大學學報
대련교통대학학보
JOURNAL OF DALIAN JIAOTONG UNIVERSITY
2013年
5期
112-117
,共6页
白凤兰%徐珺%刘立伟%夏阳
白鳳蘭%徐珺%劉立偉%夏暘
백봉란%서군%류립위%하양
二阶马尔可夫模型%DNA序列分类%加权相对熵%进化树
二階馬爾可伕模型%DNA序列分類%加權相對熵%進化樹
이계마이가부모형%DNA서렬분류%가권상대적%진화수
2-step Markov model%comparison of DNA sequences%weighted relative entropy%phylogenetic tree
利用加权相对熵的二阶马尔可夫模型的基本原理,对DNA序列进行比较DNA序列由4个字符A、T、C、G构成的序列,将其视为一个马尔可夫链,取状态空间I={A,T,C,G},使用二阶转移概率矩阵来描述DNA序列,得到DNA序列的特征值,进而利用特征值定义DNA序列的相似性度量,得到能够对DNA序列进行比较的新方法,并利用这个方法对30个物种的线粒体DNA序列进行分类,通过加权相对熵得到距离矩阵的非比对方法构建的进化树划分更加清晰,准确度更高.
利用加權相對熵的二階馬爾可伕模型的基本原理,對DNA序列進行比較DNA序列由4箇字符A、T、C、G構成的序列,將其視為一箇馬爾可伕鏈,取狀態空間I={A,T,C,G},使用二階轉移概率矩陣來描述DNA序列,得到DNA序列的特徵值,進而利用特徵值定義DNA序列的相似性度量,得到能夠對DNA序列進行比較的新方法,併利用這箇方法對30箇物種的線粒體DNA序列進行分類,通過加權相對熵得到距離矩陣的非比對方法構建的進化樹劃分更加清晰,準確度更高.
이용가권상대적적이계마이가부모형적기본원리,대DNA서렬진행비교DNA서렬유4개자부A、T、C、G구성적서렬,장기시위일개마이가부련,취상태공간I={A,T,C,G},사용이계전이개솔구진래묘술DNA서렬,득도DNA서렬적특정치,진이이용특정치정의DNA서렬적상사성도량,득도능구대DNA서렬진행비교적신방법,병이용저개방법대30개물충적선립체DNA서렬진행분류,통과가권상대적득도거리구진적비비대방법구건적진화수화분경가청석,준학도경고.
