玉米科学
玉米科學
옥미과학
JOURNAL OF MAIZE SCIENCES
2013年
3期
40-47
,共8页
张海燕%李佐同%赵长江%杨克军%王玉凤%胡雪微%赵莹
張海燕%李佐同%趙長江%楊剋軍%王玉鳳%鬍雪微%趙瑩
장해연%리좌동%조장강%양극군%왕옥봉%호설미%조형
玉米%LIM结构域%LIM基因家族%生物信息学
玉米%LIM結構域%LIM基因傢族%生物信息學
옥미%LIM결구역%LIM기인가족%생물신식학
Maize%LIM domain%LIM gene family%Bioinformatic analysis
采用生物信息学的方法,在玉米全基因组水平鉴定并分析玉米LIM蛋白基因,鉴定出11个ZmLIM基因,分别分布于玉米的8条染色体上。结构域分析表明,多数LIM蛋白包括2个典型的LIM结构域。系统发育分析表明,LIM家族可以分为3个亚家族。假定调控元件分析发现,所有LIM基因启动子都具有大量花粉特异表达元件,相对来说其他组织器官特异表达,激素和逆境调控元件数量很少。EST基因表达数据分析表明,该家族成员具有明显的时空表达特性。
採用生物信息學的方法,在玉米全基因組水平鑒定併分析玉米LIM蛋白基因,鑒定齣11箇ZmLIM基因,分彆分佈于玉米的8條染色體上。結構域分析錶明,多數LIM蛋白包括2箇典型的LIM結構域。繫統髮育分析錶明,LIM傢族可以分為3箇亞傢族。假定調控元件分析髮現,所有LIM基因啟動子都具有大量花粉特異錶達元件,相對來說其他組織器官特異錶達,激素和逆境調控元件數量很少。EST基因錶達數據分析錶明,該傢族成員具有明顯的時空錶達特性。
채용생물신식학적방법,재옥미전기인조수평감정병분석옥미LIM단백기인,감정출11개ZmLIM기인,분별분포우옥미적8조염색체상。결구역분석표명,다수LIM단백포괄2개전형적LIM결구역。계통발육분석표명,LIM가족가이분위3개아가족。가정조공원건분석발현,소유LIM기인계동자도구유대량화분특이표체원건,상대래설기타조직기관특이표체,격소화역경조공원건수량흔소。EST기인표체수거분석표명,해가족성원구유명현적시공표체특성。
By bioinformatic analysis, maize LIM genes were isolated and analyzed in those functions in whole-genome scale. A total of 11 maize LIM genes(ZmLIM1 to ZmLIM11) were identified. ZmLIM genes were dis-tributed in all the maize chromosomes except chromosome 7 and 8. Alignment and motif analysis results revealed ma-jor maize LIM proteins share two typical conserved domains. Phylogenetic analysis indicated LIM family could be di-vided into three subfamilies. Putative cis-acting regulatory elements involved in specific tissue or organ, phytohor-mones and stress, the tissue-specific expression elements, especial pollen-specific element, were observed in the pro-moters of all ZmLIM genes; other elements distribution presented fragmentarily. Expression data of ESTs suggested maize LIM genes had temporal and spatial expression pattern.