基因组学与应用生物学
基因組學與應用生物學
기인조학여응용생물학
GENOMICS AND APPLIED BIOLOGY
2013年
4期
467-478
,共12页
李斌%卢冰霞%秦毅斌%赵武%梁家幸%韦超文%何颖%苏乾莲%陈忠伟%闭炳芬%段群棚%李莹莹%姜佳佳%梁保忠%黄伟坚
李斌%盧冰霞%秦毅斌%趙武%樑傢倖%韋超文%何穎%囌乾蓮%陳忠偉%閉炳芬%段群棚%李瑩瑩%薑佳佳%樑保忠%黃偉堅
리빈%로빙하%진의빈%조무%량가행%위초문%하영%소건련%진충위%폐병분%단군붕%리형형%강가가%량보충%황위견
猪%乙型脑炎病毒%E基因%克隆%生物信息学
豬%乙型腦炎病毒%E基因%剋隆%生物信息學
저%을형뇌염병독%E기인%극륭%생물신식학
Swine%Japanese encephalitis virus%E gene%Cloning%Bioinformatics
为了研究开发快速、敏感、特异的猪乙型脑炎(Japanese encephalitis, JE)诊断试剂和免疫效果良好的猪JE基因工程疫苗，对2011年分离到的广西猪乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus, JEV) FC792株的E基因进行克隆、测序及生物信息学分析。结果测序获得1500 bp的完整FC792株E基因序列，经同源性比对及遗传进化树分析表明，FC792株为基因芋型JEV毒株，且属于弱毒株。应用在线软件SignalP 4.1对FC792株E蛋白进行信号肽的预测，结果预测到FC792株E蛋白不存在信号肽。应用在线软件NetNGlyc 1.0预测到FC792株E蛋白存在1个N-糖基化位点：154-NYSA，线软件NetPhos 2.0预测到其存在如下磷酸化位点：丝氨酸(Ser)有10个位点；苏氨酸(Thr)有6个位点；酪氨酸(Tyr)有5个位点。应用在线免疫信息学软件预测到FC792株E蛋白有16个B细胞抗原优势表位(分值(score)逸0.85)，5个CTL抗原表位，10个Th抗原表位。应用在线软件GOR4预测FC792株E蛋白的二级结构，发现α-螺旋区域占21.20%，延伸链区域占30.40%；无规则卷曲区域占48.40%。应用在线软件SWISS-MODEL对FC792株E蛋白进行三维结构预测的同源模建，结果可见FC792株E蛋白存在大量的无规则卷曲和延伸链区域，并有多个α-螺旋区域，它们螺旋扭转卷曲形成近似左右对称的2个亚基的二聚体空间立体结构。研究结果为今后研制猪JE诊断抗原和猪JE基因工程疫苗提供参考借鉴。
為瞭研究開髮快速、敏感、特異的豬乙型腦炎(Japanese encephalitis, JE)診斷試劑和免疫效果良好的豬JE基因工程疫苗，對2011年分離到的廣西豬乙型腦炎病毒(Japanese encephalitis virus, JEV) FC792株的E基因進行剋隆、測序及生物信息學分析。結果測序穫得1500 bp的完整FC792株E基因序列，經同源性比對及遺傳進化樹分析錶明，FC792株為基因芋型JEV毒株，且屬于弱毒株。應用在線軟件SignalP 4.1對FC792株E蛋白進行信號肽的預測，結果預測到FC792株E蛋白不存在信號肽。應用在線軟件NetNGlyc 1.0預測到FC792株E蛋白存在1箇N-糖基化位點：154-NYSA，線軟件NetPhos 2.0預測到其存在如下燐痠化位點：絲氨痠(Ser)有10箇位點；囌氨痠(Thr)有6箇位點；酪氨痠(Tyr)有5箇位點。應用在線免疫信息學軟件預測到FC792株E蛋白有16箇B細胞抗原優勢錶位(分值(score)逸0.85)，5箇CTL抗原錶位，10箇Th抗原錶位。應用在線軟件GOR4預測FC792株E蛋白的二級結構，髮現α-螺鏇區域佔21.20%，延伸鏈區域佔30.40%；無規則捲麯區域佔48.40%。應用在線軟件SWISS-MODEL對FC792株E蛋白進行三維結構預測的同源模建，結果可見FC792株E蛋白存在大量的無規則捲麯和延伸鏈區域，併有多箇α-螺鏇區域，它們螺鏇扭轉捲麯形成近似左右對稱的2箇亞基的二聚體空間立體結構。研究結果為今後研製豬JE診斷抗原和豬JE基因工程疫苗提供參攷藉鑒。
위료연구개발쾌속、민감、특이적저을형뇌염(Japanese encephalitis, JE)진단시제화면역효과량호적저JE기인공정역묘，대2011년분리도적엄서저을형뇌염병독(Japanese encephalitis virus, JEV) FC792주적E기인진행극륭、측서급생물신식학분석。결과측서획득1500 bp적완정FC792주E기인서렬，경동원성비대급유전진화수분석표명，FC792주위기인우형JEV독주，차속우약독주。응용재선연건SignalP 4.1대FC792주E단백진행신호태적예측，결과예측도FC792주E단백불존재신호태。응용재선연건NetNGlyc 1.0예측도FC792주E단백존재1개N-당기화위점：154-NYSA，선연건NetPhos 2.0예측도기존재여하린산화위점：사안산(Ser)유10개위점；소안산(Thr)유6개위점；락안산(Tyr)유5개위점。응용재선면역신식학연건예측도FC792주E단백유16개B세포항원우세표위(분치(score)일0.85)，5개CTL항원표위，10개Th항원표위。응용재선연건GOR4예측FC792주E단백적이급결구，발현α-라선구역점21.20%，연신련구역점30.40%；무규칙권곡구역점48.40%。응용재선연건SWISS-MODEL대FC792주E단백진행삼유결구예측적동원모건，결과가견FC792주E단백존재대량적무규칙권곡화연신련구역，병유다개α-라선구역，타문라선뉴전권곡형성근사좌우대칭적2개아기적이취체공간입체결구。연구결과위금후연제저JE진단항원화저JE기인공정역묘제공삼고차감。
In order to study and develop a rapid, sensitive and specific Japanese encephalitis (JE) diagnostic reagents and adequate immune response to swine JE genetically engineered vaccine, we fully analyzed E gene clone, se-quence and bioinformatics analysis study of a so-called FC792, Guangxi swine Japanese encephalitis virus (JEV)strain isolated in year 2011. As results, we obtained a 1 500 bp full length of FC792 strains' E gene sequence;through homology comparison and phylogenetic analysis, the isolate FC792 belongs to attenuated JEV genotypeⅢ. Using online software SignalP 4.1 to forecast FC792 strain's E protein signal peptide, results showed absence of E protein signal peptide. Using online software NetNGlyc 1.0, we could forecast the existence of one N-glucosylation site:154-NYSA, NtPhos 2.0 could forecast the existence of the following phosphorylation sites:Serine (Ser) with 10 sites, Threonine (Thr) with 6 sites, Tyrosine (Tyr) with 5 sites. Application of online immunoinformatics analy-sis, we predetermined that FC792 had 16 B cells epitopes antigens (score≥0.85), 5 CTR epitopes, 10 Th epitopes. While analysis with online software GOR4 forecasting of FC792 strain, E protein's secondary structure, we found an?-helix region to stand by 21.20%, the extended strand region 30.40%, the random coil region 48.40%. Online software SWISS-MODEL processing FC792 strain's E protein three dimensional structure's homology modeling resulted in the existence of an abundant random coil and extended strand regions and equally a number of?-helix region;their spiral twist curly shapes in two symmetric subunit dimer stereochemical structure. These finding pro-vided references for a henceforth development of Swine JE diagnostic kit and genetically engineered vaccine.
