湖北农业科学
湖北農業科學
호북농업과학
2013年
10期
2427-2430,2435
,共5页
刘宁%姚元锋%郭婧%赵广荣
劉寧%姚元鋒%郭婧%趙廣榮
류저%요원봉%곽청%조엄영
红豆杉属%密码子偏性%CHIPS%CUSP
紅豆杉屬%密碼子偏性%CHIPS%CUSP
홍두삼속%밀마자편성%CHIPS%CUSP
Taxus%codon usage bias%gere expression%taxinol
运用EMBOSS (The european molecular biology open software suite)软件包中的CHIPS (Condon heterozygosity in a protein coding sequence)和CUSP(Create a condon usage table)程序对红豆杉属的52个基因的密码子偏性进行综合分析,并与大肠杆菌、酵母、拟南芥和水稻的密码子偏性进行比较.结果表明,红豆杉属基因的Nc(有效密码子数)为45～58,大部分密码子使用频率较为一致.部分氨基酸密码子使用频率存在较大差异,如Ala、Asp、Phe、Gly、His、Asn、Arg、Thr、Tyr等.红豆杉属基因密码子偏性与拟南芥等双子叶植物较接近,与原核生物和单子叶植物相差较远.
運用EMBOSS (The european molecular biology open software suite)軟件包中的CHIPS (Condon heterozygosity in a protein coding sequence)和CUSP(Create a condon usage table)程序對紅豆杉屬的52箇基因的密碼子偏性進行綜閤分析,併與大腸桿菌、酵母、擬南芥和水稻的密碼子偏性進行比較.結果錶明,紅豆杉屬基因的Nc(有效密碼子數)為45～58,大部分密碼子使用頻率較為一緻.部分氨基痠密碼子使用頻率存在較大差異,如Ala、Asp、Phe、Gly、His、Asn、Arg、Thr、Tyr等.紅豆杉屬基因密碼子偏性與擬南芥等雙子葉植物較接近,與原覈生物和單子葉植物相差較遠.
운용EMBOSS (The european molecular biology open software suite)연건포중적CHIPS (Condon heterozygosity in a protein coding sequence)화CUSP(Create a condon usage table)정서대홍두삼속적52개기인적밀마자편성진행종합분석,병여대장간균、효모、의남개화수도적밀마자편성진행비교.결과표명,홍두삼속기인적Nc(유효밀마자수)위45～58,대부분밀마자사용빈솔교위일치.부분안기산밀마자사용빈솔존재교대차이,여Ala、Asp、Phe、Gly、His、Asn、Arg、Thr、Tyr등.홍두삼속기인밀마자편성여의남개등쌍자협식물교접근,여원핵생물화단자협식물상차교원.
