CAJ | 학술논문

脂多糖结合蛋白(lipopolysaccharide-binding protein,LBP)是机体识别革兰氏阴性菌内毒素并启动免疫反应的关键因子.为了了解LBP基因的密码子使用特性,为其选择合适的受体动物以及最佳外源表达系统提供依据,本研究运用CHIPS、CUSP和CodonW在线程序分析自主电子克隆的猪(Sus scrofa)LBP基因(GenBank登录号:NM-001128435.1)的密码子偏好性,并与猪8种抗病相关基因、模式生物基因组以及其他物种LBP基因相比较.结果表明,猪LBP基因大部分偏好使用以G/C结尾的密码子,27种偏好密码子(相对使用度(RSCU)＞1)中偏好性较强的有GCC、CAC、CTG和TCC(RSCU≥2),而猪8种抗病相关基因有23种偏好密码子,全部以G/C结尾,并且偏好性较强的密码子有GCC、ATC、CTG和GTG;通过比较14种动物的LBP基因密码子偏好性,发现14个物种的LBP基因表达水平一般,并且都偏好以G/C结尾的密码子;聚类分析发现,偶蹄目猪与2种食肉目动物(猫(Felis catus)和狗(Canis)聚为一类,与系统分类关系不一致;在密码子的使用频率上,猪LBP基因与小鼠(Mus musculus)基因组的差异小于大肠杆菌(Escherichia coli)和酵母菌(Saccharomyces)等2种模式生物基因组,故小鼠更适合作为该LBP基因的外源表达宿主.本研究结果为LBP基因在动物遗传改良中选择合适的受体动物、选择最佳的外源表达系统以及提高其表达水平提供一定的理论依据.
지다당결합단백(lipopolysaccharide-binding protein,LBP)시궤체식별혁란씨음성균내독소병계동면역반응적관건인자.위료료해LBP기인적밀마자사용특성,위기선택합괄적수체동물이급최가외원표체계통제공의거,본연구운용CHIPS、CUSP화CodonW재선정서분석자주전자극륭적저(Sus scrofa)LBP기인(GenBank등록호:NM-001128435.1)적밀마자편호성,병여저8충항병상관기인、모식생물기인조이급기타물충LBP기인상비교.결과표명,저LBP기인대부분편호사용이G/C결미적밀마자,27충편호밀마자(상대사용도(RSCU)＞1)중편호성교강적유GCC、CAC、CTG화TCC(RSCU≥2),이저8충항병상관기인유23충편호밀마자,전부이G/C결미,병차편호성교강적밀마자유GCC、ATC、CTG화GTG;통과비교14충동물적LBP기인밀마자편호성,발현14개물충적LBP기인표체수평일반,병차도편호이G/C결미적밀마자;취류분석발현,우제목저여2충식육목동물(묘(Felis catus)화구(Canis)취위일류,여계통분류관계불일치;재밀마자적사용빈솔상,저LBP기인여소서(Mus musculus)기인조적차이소우대장간균(Escherichia coli)화효모균(Saccharomyces)등2충모식생물기인조,고소서경괄합작위해LBP기인적외원표체숙주.본연구결과위LBP기인재동물유전개량중선택합괄적수체동물、선택최가적외원표체계통이급제고기표체수평제공일정적이론의거.