CAJ | 학술논문

为研究水合氨基酸几何构型,利用从头计算(ab initio),多极距法(multipole moments)等量子化学方法,在分子水平上对几何优化后的水分子,水合丝氨酸及酪氨酸团簇进行系统的比较.此外,针对目前流行的多种点电荷模型AMBER,CHARMM,OPLS,MMFF,TAFF的精确性进行了检测.结果表明:(1) ab initio得到的水分子偶极距和四极距与实验结果相一致,可以作为精确度评判标准与多极距、点电荷等方法进行比较;(2)丝氨酸与酪氨酸均可与周围水分子以氢键形式构成水合团簇,且氢键键长范围(O-O键)在2.7 (A)～2.9 (A)之间,H...O键长在1.9 (A)～2.0(A)之间,均属于中强氢键.(3)当n=1～5时,酪氨酸与水分子间均形成1∶1型氢键;n≤3时,丝氨酸与周围水分子以1∶1型氢键构成环形水合团簇;n＞3时,以2∶1型氢键构成环形水合团簇; (4)多极距法阶数L增加,平均绝对误差(mean absolute error,MAE)先降低后升高,L=5时MAE最小,结果最精确.(5)量子化学方法预测丝氨酸与酪氨酸水合团簇精确度:Multipole moments＞TAFF＞OPLS-AA＞AMBER99＞CHARMM27＞MMFF94X
위연구수합안기산궤하구형,이용종두계산(ab initio),다겁거법(multipole moments)등양자화학방법,재분자수평상대궤하우화후적수분자,수합사안산급락안산단족진행계통적비교.차외,침대목전류행적다충점전하모형AMBER,CHARMM,OPLS,MMFF,TAFF적정학성진행료검측.결과표명:(1) ab initio득도적수분자우겁거화사겁거여실험결과상일치,가이작위정학도평판표준여다겁거、점전하등방법진행비교;(2)사안산여락안산균가여주위수분자이경건형식구성수합단족,차경건건장범위(O-O건)재2.7 (A)～2.9 (A)지간,H...O건장재1.9 (A)～2.0(A)지간,균속우중강경건.(3)당n=1～5시,락안산여수분자간균형성1∶1형경건;n≤3시,사안산여주위수분자이1∶1형경건구성배형수합단족;n＞3시,이2∶1형경건구성배형수합단족; (4)다겁거법계수L증가,평균절대오차(mean absolute error,MAE)선강저후승고,L=5시MAE최소,결과최정학.(5)양자화학방법예측사안산여락안산수합단족정학도:Multipole moments＞TAFF＞OPLS-AA＞AMBER99＞CHARMM27＞MMFF94X