计算机技术与发展
計算機技術與髮展
계산궤기술여발전
COMPUTER TECHNOLOGY AND DEVELOPMENT
2014年
6期
1-5,9
,共6页
邹辰%宋成龙%王文珂%李思昆
鄒辰%宋成龍%王文珂%李思昆
추신%송성룡%왕문가%리사곤
分子结构可视化%基因序列可视化%综合可视化%元数据%数据模型%可扩展标记语言%数据转换
分子結構可視化%基因序列可視化%綜閤可視化%元數據%數據模型%可擴展標記語言%數據轉換
분자결구가시화%기인서렬가시화%종합가시화%원수거%수거모형%가확전표기어언%수거전환
molecular structure visualization%gene sequence visualization%synthesized visualization%metadata%metadata model%XML%data conversion
随着系统生物学的兴起和迅速发展,为了探索不同生物层次信息之间的关联关系,对不同层次生物科学计算数据综合可视化的需求日益迫切。不同层次的生物数据的组织管理是实现综合可视化的基础和关键技术,因此文中面向生物信息可视化领域的需求,基于综合可视化集成框架,提出了一种分子结构与基因序列数据的元数据组织模型与关联数据自动生成方法。该方法通过定义包括分子结构、基因序列以及分子结构/基因序列关联信息三类数据的元数据模型,建立了该两个层次和领域数据的关联关系,确定了关联数据描述格式;利用先进的XML技术实现了分子领域和基因序列领域元数据的自动提取和转换。在此基础之上开发了一个分子结构数据与基因序列数据综合可视化原型系统,取得了良好的试用效果。
隨著繫統生物學的興起和迅速髮展,為瞭探索不同生物層次信息之間的關聯關繫,對不同層次生物科學計算數據綜閤可視化的需求日益迫切。不同層次的生物數據的組織管理是實現綜閤可視化的基礎和關鍵技術,因此文中麵嚮生物信息可視化領域的需求,基于綜閤可視化集成框架,提齣瞭一種分子結構與基因序列數據的元數據組織模型與關聯數據自動生成方法。該方法通過定義包括分子結構、基因序列以及分子結構/基因序列關聯信息三類數據的元數據模型,建立瞭該兩箇層次和領域數據的關聯關繫,確定瞭關聯數據描述格式;利用先進的XML技術實現瞭分子領域和基因序列領域元數據的自動提取和轉換。在此基礎之上開髮瞭一箇分子結構數據與基因序列數據綜閤可視化原型繫統,取得瞭良好的試用效果。
수착계통생물학적흥기화신속발전,위료탐색불동생물층차신식지간적관련관계,대불동층차생물과학계산수거종합가시화적수구일익박절。불동층차적생물수거적조직관리시실현종합가시화적기출화관건기술,인차문중면향생물신식가시화영역적수구,기우종합가시화집성광가,제출료일충분자결구여기인서렬수거적원수거조직모형여관련수거자동생성방법。해방법통과정의포괄분자결구、기인서렬이급분자결구/기인서렬관련신식삼류수거적원수거모형,건립료해량개층차화영역수거적관련관계,학정료관련수거묘술격식;이용선진적XML기술실현료분자영역화기인서렬영역원수거적자동제취화전환。재차기출지상개발료일개분자결구수거여기인서렬수거종합가시화원형계통,취득료량호적시용효과。
With the rise and rapid development of the systems biology,in order to explore the relationship between different levels of bioinformatics relevance,the need of integrated visualization of biological scientific computing data at different levels is increasingly ur-gent. The organization and management of different levels of biological data is the basis and key technology to implement the integrated visualization. For the bioinformatics needs and on the basis of an integration framework,propose a metadata model of molecular structure and gene sequence and present a method based on XML for automatic generation of metadata. By defining three types of model including the molecular structure,gene sequence and molecular-gene relevance information,establish the relationship of the two fields' data and define the description format of associated data. On this basis,have developed a synthesized visualization prototype system for molecular structure and gene sequence and it has achieved good trial results.