云南农业大学学报（自然科学）
雲南農業大學學報（自然科學）
운남농업대학학보（자연과학）
Journal of Yunnan Agricultural University
2014年
5期
642-647
,共6页
高原%王翌霞%张亮%窦同海%周雁
高原%王翌霞%張亮%竇同海%週雁
고원%왕익하%장량%두동해%주안
高通量测序技术%RNA-seq%测序深度%基因检出个数%基因表达量
高通量測序技術%RNA-seq%測序深度%基因檢齣箇數%基因錶達量
고통량측서기술%RNA-seq%측서심도%기인검출개수%기인표체량
high-throughput sequencing technology%RNA-seq%sequencing depth%number of detectived gene%gene expression value
基于第二代测序技术的转录组测序(RNA-seq)是目前基因表达分析的重要手段,其测序深度与检出的表达基因数量及基因表达量准确程度直接相关.为探索转录组测序深度对基因表达分析的影响,进而为不同实验需求选择合适的测序深度提供参考,本研究采用Hiseq2000高通量测序平台完成小鼠大脑转录组的深度测序,共产出38 M有效reads.从中随机抽取总量的25％,50％,75％和全部数据模拟建成4个不同测序深度的文库,并以相对表达量RPKM值的高低将表达基因划分为5组,比较分析不同测序深度下不同组别检出表达基因个数以及基因相对表达量(RPKM)的变化.结果表明,9.5 M reads的测序深度中可检出81.55％的总编码基因,而随测序深度增加新检出表达基因的数量逐步减少.基因表达量的分析中,中高表达量基因RPKM [30,+∞)、偏低表达基因RPKM [3,30)和低表达基因RPKM[1,3)的相对表达量分别在9.5M,19 M和28.5 M有效reads的测序深度以上的文库中趋于稳定.由此可知,研究中高表达基因时,可参考的转录组测序量为9.5M有效reads以上,而研究低表达基因时,测序量需为19 M有效reads或更高.
基于第二代測序技術的轉錄組測序(RNA-seq)是目前基因錶達分析的重要手段,其測序深度與檢齣的錶達基因數量及基因錶達量準確程度直接相關.為探索轉錄組測序深度對基因錶達分析的影響,進而為不同實驗需求選擇閤適的測序深度提供參攷,本研究採用Hiseq2000高通量測序平檯完成小鼠大腦轉錄組的深度測序,共產齣38 M有效reads.從中隨機抽取總量的25％,50％,75％和全部數據模擬建成4箇不同測序深度的文庫,併以相對錶達量RPKM值的高低將錶達基因劃分為5組,比較分析不同測序深度下不同組彆檢齣錶達基因箇數以及基因相對錶達量(RPKM)的變化.結果錶明,9.5 M reads的測序深度中可檢齣81.55％的總編碼基因,而隨測序深度增加新檢齣錶達基因的數量逐步減少.基因錶達量的分析中,中高錶達量基因RPKM [30,+∞)、偏低錶達基因RPKM [3,30)和低錶達基因RPKM[1,3)的相對錶達量分彆在9.5M,19 M和28.5 M有效reads的測序深度以上的文庫中趨于穩定.由此可知,研究中高錶達基因時,可參攷的轉錄組測序量為9.5M有效reads以上,而研究低錶達基因時,測序量需為19 M有效reads或更高.
기우제이대측서기술적전록조측서(RNA-seq)시목전기인표체분석적중요수단,기측서심도여검출적표체기인수량급기인표체량준학정도직접상관.위탐색전록조측서심도대기인표체분석적영향,진이위불동실험수구선택합괄적측서심도제공삼고,본연구채용Hiseq2000고통량측서평태완성소서대뇌전록조적심도측서,공산출38 M유효reads.종중수궤추취총량적25％,50％,75％화전부수거모의건성4개불동측서심도적문고,병이상대표체량RPKM치적고저장표체기인화분위5조,비교분석불동측서심도하불동조별검출표체기인개수이급기인상대표체량(RPKM)적변화.결과표명,9.5 M reads적측서심도중가검출81.55％적총편마기인,이수측서심도증가신검출표체기인적수량축보감소.기인표체량적분석중,중고표체량기인RPKM [30,+∞)、편저표체기인RPKM [3,30)화저표체기인RPKM[1,3)적상대표체량분별재9.5M,19 M화28.5 M유효reads적측서심도이상적문고중추우은정.유차가지,연구중고표체기인시,가삼고적전록조측서량위9.5M유효reads이상,이연구저표체기인시,측서량수위19 M유효reads혹경고.
