中国油料作物学报
中國油料作物學報
중국유료작물학보
CHINESE JOURNAL OF OIL CROP SCIENCES
2014年
3期
289-299
,共11页
袁午舟%周荣芳%童超波%程晓晖%黄军艳%于景印%董彩华%刘胜毅
袁午舟%週榮芳%童超波%程曉暉%黃軍豔%于景印%董綵華%劉勝毅
원오주%주영방%동초파%정효휘%황군염%우경인%동채화%류성의
白菜%甘蓝%甘蓝型油菜%全基因组%SUC基因家族%分类%进化分析
白菜%甘藍%甘藍型油菜%全基因組%SUC基因傢族%分類%進化分析
백채%감람%감람형유채%전기인조%SUC기인가족%분류%진화분석
Brassica rapa%B.oleracea%B.napus%Genome-wide%SUC%Identification%Phylogenetic analysis
为分析芸薹属AC基因组中SUC基因(负责蔗糖和质子同向转运的蛋白基因)家族的扩张与丢失,基于已公布的白菜和尚未公布的甘蓝及甘蓝型油菜基因组数据对SUC基因进行全基因组鉴定,并分析基因结构域特征、生化特征、进化关系和表达特性.依据HMMER程序构建的SUC基因家族的HMM(隐马尔科夫)模型,在白菜、甘蓝、甘蓝型油菜中,各检索出12、11和24个SUC候选基因;通过用SUC家族特征进行筛选,最终各保留了12、4和7个SUC基因;通过对SUC基因在拟南芥、白菜、甘蓝和甘蓝型油菜中的系统发育分析,SUC基因家族在芸薹属物种中分成了3个亚类.利用MCscan对这4个物种基因组的共线性分析,结果表明SUC基因家族成员在芸薹属物种基因组加倍后以及白菜和甘蓝杂交形成油菜以后发生了不同程度的丢失.同时,序列生化特性预测结果表明SUC蛋白是属于偏碱性的疏水性蛋白且结构稳定;表达谱分析显示,所有SUC基因基本上在所有的组织中都有不同程度的表达;启动子分析表明,SUC基因的启动子区富含LTRE、ABRE、MYC、MYB和W-box等逆境应答相关顺式作用元件,因而该基因可能也与抗逆性相关.
為分析蕓薹屬AC基因組中SUC基因(負責蔗糖和質子同嚮轉運的蛋白基因)傢族的擴張與丟失,基于已公佈的白菜和尚未公佈的甘藍及甘藍型油菜基因組數據對SUC基因進行全基因組鑒定,併分析基因結構域特徵、生化特徵、進化關繫和錶達特性.依據HMMER程序構建的SUC基因傢族的HMM(隱馬爾科伕)模型,在白菜、甘藍、甘藍型油菜中,各檢索齣12、11和24箇SUC候選基因;通過用SUC傢族特徵進行篩選,最終各保留瞭12、4和7箇SUC基因;通過對SUC基因在擬南芥、白菜、甘藍和甘藍型油菜中的繫統髮育分析,SUC基因傢族在蕓薹屬物種中分成瞭3箇亞類.利用MCscan對這4箇物種基因組的共線性分析,結果錶明SUC基因傢族成員在蕓薹屬物種基因組加倍後以及白菜和甘藍雜交形成油菜以後髮生瞭不同程度的丟失.同時,序列生化特性預測結果錶明SUC蛋白是屬于偏堿性的疏水性蛋白且結構穩定;錶達譜分析顯示,所有SUC基因基本上在所有的組織中都有不同程度的錶達;啟動子分析錶明,SUC基因的啟動子區富含LTRE、ABRE、MYC、MYB和W-box等逆境應答相關順式作用元件,因而該基因可能也與抗逆性相關.
위분석예대속AC기인조중SUC기인(부책자당화질자동향전운적단백기인)가족적확장여주실,기우이공포적백채화상미공포적감람급감람형유채기인조수거대SUC기인진행전기인조감정,병분석기인결구역특정、생화특정、진화관계화표체특성.의거HMMER정서구건적SUC기인가족적HMM(은마이과부)모형,재백채、감람、감람형유채중,각검색출12、11화24개SUC후선기인;통과용SUC가족특정진행사선,최종각보류료12、4화7개SUC기인;통과대SUC기인재의남개、백채、감람화감람형유채중적계통발육분석,SUC기인가족재예대속물충중분성료3개아류.이용MCscan대저4개물충기인조적공선성분석,결과표명SUC기인가족성원재예대속물충기인조가배후이급백채화감람잡교형성유채이후발생료불동정도적주실.동시,서렬생화특성예측결과표명SUC단백시속우편감성적소수성단백차결구은정;표체보분석현시,소유SUC기인기본상재소유적조직중도유불동정도적표체;계동자분석표명,SUC기인적계동자구부함LTRE、ABRE、MYC、MYB화W-box등역경응답상관순식작용원건,인이해기인가능야여항역성상관.
