热带作物学报
熱帶作物學報
열대작물학보
CHINESE JOURNAL OF TROPICAL CROPS
2014年
6期
1117-1123
,共7页
史后蕊%冯仁军%王静毅%柴娟%任梦云%卢利方%张银东
史後蕊%馮仁軍%王靜毅%柴娟%任夢雲%盧利方%張銀東
사후예%풍인군%왕정의%시연%임몽운%로리방%장은동
香蕉%GAPDH基因家族%生物信息学分析%表达分析
香蕉%GAPDH基因傢族%生物信息學分析%錶達分析
향초%GAPDH기인가족%생물신식학분석%표체분석
Banana%GAPDH gene family%Bioinformatics analysis%Expression analysis
从香蕉基因组数据库和NCBI数据库中检索香蕉GAPDH基因家族的所有成员,并采用生物信息学方法对其进行亚细胞定位、进化树分析和保守结构域预测.克隆测序发现,巴西蕉内的GAPDH基因家族成员序列与小果野蕉基因组数据库中提供的序列基本一致,同源性超过98％.转录表达分析表明,GAPDH基因家族成员在巴西蕉不同器官的表达模式多样:MaGAPCP1,MaGAPC6/8/10/11成组成型表达,其余的基因则在各组织器官间成差异型表达,且差异型表达的基因在不同组织器官中表达模式也不相同,组成型表达的基因在不同组织器官中表达模式虽相同,但表达量有差异.GAPDH基因家族成员在表达模式上的多样化,可能暗示其功能的多样化.这种多样化可能是在进化过程中为适应环境而出现的功能分化或冗余.结果为进一步研究GAPDH基因家族成员在香蕉生长、发育,非生物胁迫,果实后熟等重要生物学过程中的功能奠定基础.
從香蕉基因組數據庫和NCBI數據庫中檢索香蕉GAPDH基因傢族的所有成員,併採用生物信息學方法對其進行亞細胞定位、進化樹分析和保守結構域預測.剋隆測序髮現,巴西蕉內的GAPDH基因傢族成員序列與小果野蕉基因組數據庫中提供的序列基本一緻,同源性超過98％.轉錄錶達分析錶明,GAPDH基因傢族成員在巴西蕉不同器官的錶達模式多樣:MaGAPCP1,MaGAPC6/8/10/11成組成型錶達,其餘的基因則在各組織器官間成差異型錶達,且差異型錶達的基因在不同組織器官中錶達模式也不相同,組成型錶達的基因在不同組織器官中錶達模式雖相同,但錶達量有差異.GAPDH基因傢族成員在錶達模式上的多樣化,可能暗示其功能的多樣化.這種多樣化可能是在進化過程中為適應環境而齣現的功能分化或冗餘.結果為進一步研究GAPDH基因傢族成員在香蕉生長、髮育,非生物脅迫,果實後熟等重要生物學過程中的功能奠定基礎.
종향초기인조수거고화NCBI수거고중검색향초GAPDH기인가족적소유성원,병채용생물신식학방법대기진행아세포정위、진화수분석화보수결구역예측.극륭측서발현,파서초내적GAPDH기인가족성원서렬여소과야초기인조수거고중제공적서렬기본일치,동원성초과98％.전록표체분석표명,GAPDH기인가족성원재파서초불동기관적표체모식다양:MaGAPCP1,MaGAPC6/8/10/11성조성형표체,기여적기인칙재각조직기관간성차이형표체,차차이형표체적기인재불동조직기관중표체모식야불상동,조성형표체적기인재불동조직기관중표체모식수상동,단표체량유차이.GAPDH기인가족성원재표체모식상적다양화,가능암시기공능적다양화.저충다양화가능시재진화과정중위괄응배경이출현적공능분화혹용여.결과위진일보연구GAPDH기인가족성원재향초생장、발육,비생물협박,과실후숙등중요생물학과정중적공능전정기출.
