热带作物学报
熱帶作物學報
열대작물학보
CHINESE JOURNAL OF TROPICAL CROPS
2014年
6期
1108-1116
,共9页
李崇奇%沈文涛%言普%黎小瑛%周鹏
李崇奇%瀋文濤%言普%黎小瑛%週鵬
리숭기%침문도%언보%려소영%주붕
巨桉%miRNA%EST%GSS
巨桉%miRNA%EST%GSS
거안%miRNA%EST%GSS
Eucalyptus grandis%miRNA%EST%GSS
应用miRtour在线分析工具对巨桉的EST序列和GSS序列进行分析,预测巨桉的miRNA序列,应用psrobot预测miRNA的靶基因.结果发现205条miRNA前体序列和属于62个不同家族的170条成熟的miRNA序列,最大的miRNA家族为miR399家族,有17个成员;miRNA 5'段碱基存在明显的碱基偏倚,尿嘧啶出现频率高达40.6％;147个miRNA预测到了靶基因,共计预测到巨桉蛋白基因中有967个受到miRNA的调节,同时发现1个miRNA可以调控多个靶基因,同一蛋白质受多个miRNA调控的现象.
應用miRtour在線分析工具對巨桉的EST序列和GSS序列進行分析,預測巨桉的miRNA序列,應用psrobot預測miRNA的靶基因.結果髮現205條miRNA前體序列和屬于62箇不同傢族的170條成熟的miRNA序列,最大的miRNA傢族為miR399傢族,有17箇成員;miRNA 5'段堿基存在明顯的堿基偏倚,尿嘧啶齣現頻率高達40.6％;147箇miRNA預測到瞭靶基因,共計預測到巨桉蛋白基因中有967箇受到miRNA的調節,同時髮現1箇miRNA可以調控多箇靶基因,同一蛋白質受多箇miRNA調控的現象.
응용miRtour재선분석공구대거안적EST서렬화GSS서렬진행분석,예측거안적miRNA서렬,응용psrobot예측miRNA적파기인.결과발현205조miRNA전체서렬화속우62개불동가족적170조성숙적miRNA서렬,최대적miRNA가족위miR399가족,유17개성원;miRNA 5'단감기존재명현적감기편의,뇨밀정출현빈솔고체40.6％;147개miRNA예측도료파기인,공계예측도거안단백기인중유967개수도miRNA적조절,동시발현1개miRNA가이조공다개파기인,동일단백질수다개miRNA조공적현상.
