青岛农业大学学报（自然科学版）
青島農業大學學報（自然科學版）
청도농업대학학보（자연과학판）
JOURNAL OF QINGDAO AGRICULTURAL UNIVERSITY
2014年
2期
105-111
,共7页
周贺%李浩男%蔡斌华%乔玉山
週賀%李浩男%蔡斌華%喬玉山
주하%리호남%채빈화%교옥산
‘黄花'梨%转录组%单核苷酸多态性%功能注释%色泽形成
‘黃花'梨%轉錄組%單覈苷痠多態性%功能註釋%色澤形成
‘황화'리%전록조%단핵감산다태성%공능주석%색택형성
Pyrus pyrifolia Nakai ‘Huanghua'%transcriptome%single nucleotide polymorphism%functional annotation%color formation
从褐色砂梨品种‘黄花'(Pyrus pyri folia Nakai ‘Huanghua’)色泽形成期的果皮转录组数据开发SNP分子标记.检测了75764条unigene(总长度55676271bp)序列信息后,在25589条unigene(33.77％)中共发现SNP位点162048个,SNP发生频率为1/344bp,其中转换(transition) 102342个,颠换(transversion) 59706个.在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达31.66％和31.50％.为进一步对得到的SNP所在基因功能进行分析,将包含SNP位点的25589条unigene序列注释到GenBank Nr蛋白数据库、Nt核苷酸数据库和Swiss-prot数据库中,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGG pathway),结合已有研究,筛选到1178个可能与果皮色泽形成相关的SNP标记.
從褐色砂梨品種‘黃花'(Pyrus pyri folia Nakai ‘Huanghua’)色澤形成期的果皮轉錄組數據開髮SNP分子標記.檢測瞭75764條unigene(總長度55676271bp)序列信息後,在25589條unigene(33.77％)中共髮現SNP位點162048箇,SNP髮生頻率為1/344bp,其中轉換(transition) 102342箇,顛換(transversion) 59706箇.在所有變異類型中,A/G和C/T髮生頻率最高,分彆達31.66％和31.50％.為進一步對得到的SNP所在基因功能進行分析,將包含SNP位點的25589條unigene序列註釋到GenBank Nr蛋白數據庫、Nt覈苷痠數據庫和Swiss-prot數據庫中,併對其進行GO分類、COG分類註釋和代謝通路註釋(KEGG pathway),結閤已有研究,篩選到1178箇可能與果皮色澤形成相關的SNP標記.
종갈색사리품충‘황화'(Pyrus pyri folia Nakai ‘Huanghua’)색택형성기적과피전록조수거개발SNP분자표기.검측료75764조unigene(총장도55676271bp)서렬신식후,재25589조unigene(33.77％)중공발현SNP위점162048개,SNP발생빈솔위1/344bp,기중전환(transition) 102342개,전환(transversion) 59706개.재소유변이류형중,A/G화C/T발생빈솔최고,분별체31.66％화31.50％.위진일보대득도적SNP소재기인공능진행분석,장포함SNP위점적25589조unigene서렬주석도GenBank Nr단백수거고、Nt핵감산수거고화Swiss-prot수거고중,병대기진행GO분류、COG분류주석화대사통로주석(KEGG pathway),결합이유연구,사선도1178개가능여과피색택형성상관적SNP표기.
