计算机与应用化学
計算機與應用化學
계산궤여응용화학
COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY
2014年
6期
641-647
,共7页
刘健%李晓霞%郭力%郑默%韩君易%袁小龙%聂峰光%刘晓龙
劉健%李曉霞%郭力%鄭默%韓君易%袁小龍%聶峰光%劉曉龍
류건%리효하%곽력%정묵%한군역%원소룡%섭봉광%류효룡
反应分子动力学%VARxMD%化学反应分析与可视化%化学反应机理%化学信息学
反應分子動力學%VARxMD%化學反應分析與可視化%化學反應機理%化學信息學
반응분자동역학%VARxMD%화학반응분석여가시화%화학반응궤리%화학신식학
ReaxFF molecular dynamics%VARxMD%chemical reaction analysis and visualization%chemical reaction mechanisms
反应分子动力学(ReaxFF MD)是一种很有潜力研究较大体系(＞1000个原子)复杂化学反应的方法.国际上现有的ReaxFFMD模拟结果分析工具无法让用户了解所模拟的过程中发生的化学反应细节,对于规模小或简单的反应体系进行人工分析还可以接受,但对于原子规模达到～1000-～10000的大体系模拟,反应分析功能的缺乏,将使研究者对反应机理的分析陷入困境.本文研发的反应分子动力学分析与可视化工具VARxMD(Visualization and Analysis of ReaxFF Molecular Dynamics),它是国际上第一个实现对ReaxFF MD模拟轨迹进行化学反应自动分析的工具.VARxMD是基于Qt/VTK和其它第三方库研发的跨平台图形用户界面程序,借助化学信息学的化学结构处理方法,对ReaxFF MD模拟结果轨迹中的原子、物种、成断键的分析,并结合数据可视化和分子片段结构可视化,实现对ReaxFF MD模拟结果的深度分析,可获得模拟过程中完整的化学反应信息.VARxMD已应用于煤热解和聚乙烯等复杂分子体系热解的化学反应机理探索,且VARxMD具有通用性,有望被应用于更多的体系.
反應分子動力學(ReaxFF MD)是一種很有潛力研究較大體繫(＞1000箇原子)複雜化學反應的方法.國際上現有的ReaxFFMD模擬結果分析工具無法讓用戶瞭解所模擬的過程中髮生的化學反應細節,對于規模小或簡單的反應體繫進行人工分析還可以接受,但對于原子規模達到～1000-～10000的大體繫模擬,反應分析功能的缺乏,將使研究者對反應機理的分析陷入睏境.本文研髮的反應分子動力學分析與可視化工具VARxMD(Visualization and Analysis of ReaxFF Molecular Dynamics),它是國際上第一箇實現對ReaxFF MD模擬軌跡進行化學反應自動分析的工具.VARxMD是基于Qt/VTK和其它第三方庫研髮的跨平檯圖形用戶界麵程序,藉助化學信息學的化學結構處理方法,對ReaxFF MD模擬結果軌跡中的原子、物種、成斷鍵的分析,併結閤數據可視化和分子片段結構可視化,實現對ReaxFF MD模擬結果的深度分析,可穫得模擬過程中完整的化學反應信息.VARxMD已應用于煤熱解和聚乙烯等複雜分子體繫熱解的化學反應機理探索,且VARxMD具有通用性,有望被應用于更多的體繫.
반응분자동역학(ReaxFF MD)시일충흔유잠력연구교대체계(＞1000개원자)복잡화학반응적방법.국제상현유적ReaxFFMD모의결과분석공구무법양용호료해소모의적과정중발생적화학반응세절,대우규모소혹간단적반응체계진행인공분석환가이접수,단대우원자규모체도～1000-～10000적대체계모의,반응분석공능적결핍,장사연구자대반응궤리적분석함입곤경.본문연발적반응분자동역학분석여가시화공구VARxMD(Visualization and Analysis of ReaxFF Molecular Dynamics),타시국제상제일개실현대ReaxFF MD모의궤적진행화학반응자동분석적공구.VARxMD시기우Qt/VTK화기타제삼방고연발적과평태도형용호계면정서,차조화학신식학적화학결구처리방법,대ReaxFF MD모의결과궤적중적원자、물충、성단건적분석,병결합수거가시화화분자편단결구가시화,실현대ReaxFF MD모의결과적심도분석,가획득모의과정중완정적화학반응신식.VARxMD이응용우매열해화취을희등복잡분자체계열해적화학반응궤리탐색,차VARxMD구유통용성,유망피응용우경다적체계.
