现代肿瘤医学
現代腫瘤醫學
현대종류의학
JOURNAL OF MODERN ONCOLOGY
2014年
8期
1891-1894
,共4页
韩泽平%何金花%黎毓光%吕钰冰%周嘉彬
韓澤平%何金花%黎毓光%呂鈺冰%週嘉彬
한택평%하금화%려육광%려옥빙%주가빈
microRNA%前列腺癌%生物信息学%预测%调控通路
microRNA%前列腺癌%生物信息學%預測%調控通路
microRNA%전렬선암%생물신식학%예측%조공통로
microRNA%prostate cancer%bioinformatics analysis%prediction%regulatory network
目的：运用生物信息学方法推测 microRNA（miRNA）在前列腺癌中的分子调控通路。方法：利用人类 miRNA 疾病数据库（HMDD）查询已证实与前列腺癌相关的 miRNAs 并汇总，挑选文献报道最多的几个miRNAs 作为研究对象。运用 miRwalk 在线软件分别查询各 miRNAs 的靶基因，并作交集分析筛选出各 miR-NAs 的共同靶基因。在前列腺基因数据库（PGDB）中查询已证实与前列腺癌密切联系的基因，并筛选出与前列腺癌相关的 miRNA 靶基因。进一步利用转录因子数据库（ChIPBase）分别推测各 miRNA 和靶基因的转录因子，并绘制 miRNA 在前列腺癌中的分子调控通路图。结果：经 HMDD 筛选出有10篇或以上文献支持与前列腺癌相关的 miRNAs 为 miR -21、miR -145、miR -221和 miR -222；miRwalk 软件证实得出这4个 miRNAs的共同靶基因共有15个，其中 CDKN1A、PTEN、ERBB2、MYC、TP53、ESR1和 BCL2等7个基因已证实参与前列腺癌的发生发展；ChIPBase 预测得 CDX2和 GR 为4个 miRNAs 的共同转录因子，而7个靶基因的共同转录因子有10个，其中 CDX2是 miRNAs 及其靶基因的共同转录因子。所有基因形成一个调控环路，参与前列腺癌的发生与发展。结论：运用生物信息学方法对前列腺癌相关的 miRNAs 分子调控网络进行预测，不仅能揭示各 miRNAs 的生物学功能，而且为阐明其与前列腺癌的发病机制提供了新的理论基础，也为后续的实验验证提供指导。
目的：運用生物信息學方法推測 microRNA（miRNA）在前列腺癌中的分子調控通路。方法：利用人類 miRNA 疾病數據庫（HMDD）查詢已證實與前列腺癌相關的 miRNAs 併彙總，挑選文獻報道最多的幾箇miRNAs 作為研究對象。運用 miRwalk 在線軟件分彆查詢各 miRNAs 的靶基因，併作交集分析篩選齣各 miR-NAs 的共同靶基因。在前列腺基因數據庫（PGDB）中查詢已證實與前列腺癌密切聯繫的基因，併篩選齣與前列腺癌相關的 miRNA 靶基因。進一步利用轉錄因子數據庫（ChIPBase）分彆推測各 miRNA 和靶基因的轉錄因子，併繪製 miRNA 在前列腺癌中的分子調控通路圖。結果：經 HMDD 篩選齣有10篇或以上文獻支持與前列腺癌相關的 miRNAs 為 miR -21、miR -145、miR -221和 miR -222；miRwalk 軟件證實得齣這4箇 miRNAs的共同靶基因共有15箇，其中 CDKN1A、PTEN、ERBB2、MYC、TP53、ESR1和 BCL2等7箇基因已證實參與前列腺癌的髮生髮展；ChIPBase 預測得 CDX2和 GR 為4箇 miRNAs 的共同轉錄因子，而7箇靶基因的共同轉錄因子有10箇，其中 CDX2是 miRNAs 及其靶基因的共同轉錄因子。所有基因形成一箇調控環路，參與前列腺癌的髮生與髮展。結論：運用生物信息學方法對前列腺癌相關的 miRNAs 分子調控網絡進行預測，不僅能揭示各 miRNAs 的生物學功能，而且為闡明其與前列腺癌的髮病機製提供瞭新的理論基礎，也為後續的實驗驗證提供指導。
목적：운용생물신식학방법추측 microRNA（miRNA）재전렬선암중적분자조공통로。방법：이용인류 miRNA 질병수거고（HMDD）사순이증실여전렬선암상관적 miRNAs 병회총，도선문헌보도최다적궤개miRNAs 작위연구대상。운용 miRwalk 재선연건분별사순각 miRNAs 적파기인，병작교집분석사선출각 miR-NAs 적공동파기인。재전렬선기인수거고（PGDB）중사순이증실여전렬선암밀절련계적기인，병사선출여전렬선암상관적 miRNA 파기인。진일보이용전록인자수거고（ChIPBase）분별추측각 miRNA 화파기인적전록인자，병회제 miRNA 재전렬선암중적분자조공통로도。결과：경 HMDD 사선출유10편혹이상문헌지지여전렬선암상관적 miRNAs 위 miR -21、miR -145、miR -221화 miR -222；miRwalk 연건증실득출저4개 miRNAs적공동파기인공유15개，기중 CDKN1A、PTEN、ERBB2、MYC、TP53、ESR1화 BCL2등7개기인이증실삼여전렬선암적발생발전；ChIPBase 예측득 CDX2화 GR 위4개 miRNAs 적공동전록인자，이7개파기인적공동전록인자유10개，기중 CDX2시 miRNAs 급기파기인적공동전록인자。소유기인형성일개조공배로，삼여전렬선암적발생여발전。결론：운용생물신식학방법대전렬선암상관적 miRNAs 분자조공망락진행예측，불부능게시각 miRNAs 적생물학공능，이차위천명기여전렬선암적발병궤제제공료신적이론기출，야위후속적실험험증제공지도。
To predict the regulatory network of microRNA(miRNA)in prostate cancer by the methods of bioinformatics. Methods:Inquired and summarized the miRNAs related to prostate cancer in the human microRNA disease database(HMDD),and the several miRNAs studies reported the most were selected as the subject of the stud-y. Inquired the target genes of the miRNAs by miRwalk software,and screened out the common target genes. And then,found out the common target genes related to prostate cancer on prostate gene database(PGDB). Moreover,we predicted the transcription factors of the miRNAs and the target genes,and determined the regulatory network of miR-NA in prostate cancer. Results:miR - 21,miR - 145,miR - 221 and miR - 222 were studied the most on HMDD. 15 common target genes of the 4 miRNAs were verified by miRwalk software,and the target genes CDKN1A,PTEN, ERBB2,MYC,TP53,ESR1 and BCL2 were verified to be associated with prostate cancer. ChIPBase software predicted that CDX2 and GR were the common transcription factors of the 4 miRNAs,and the number of the common transcrip-tion factors of the 7 target genes was 10. CDX2 was the common transcription factors of the 4 miRNAs and the 7 target genes. All the genes formed a regulation loop in the occurrence and development of prostate cancer. Conclusion:Pre-dicting the regulatory network of miRNA by bioinformatics provided a good guideline for deeper insights into the path-ogenesis of prostate cancer,and also provided valuable guideline for the further research.
