中国油料作物学报
中國油料作物學報
중국유료작물학보
CHINESE JOURNAL OF OIL CROP SCIENCES
2014年
5期
551-561
,共11页
周荣芳%袁午舟%童超波%黄军艳%程晓晖%于景印%董彩华%刘越英%刘胜毅
週榮芳%袁午舟%童超波%黃軍豔%程曉暉%于景印%董綵華%劉越英%劉勝毅
주영방%원오주%동초파%황군염%정효휘%우경인%동채화%류월영%류성의
白菜%甘蓝%甘蓝型油菜%全基因组%液泡铁离子转运蛋白%进化分析
白菜%甘藍%甘藍型油菜%全基因組%液泡鐵離子轉運蛋白%進化分析
백채%감람%감람형유채%전기인조%액포철리자전운단백%진화분석
Brassica rapa%Brassica oleracea%Brassica napus%Genome-wide%Vacuolar iron transporter%Evolutionary analysis
为了解液泡铁离子转运蛋白(vacuolar iron transporter,VIT)编码基因在芸薹属作物中的进化关系,在已完成的拟南芥、白菜、甘蓝以及甘蓝型油菜全基因组测序基础上,利用HMMER软件根据VIT保守的结构域对拟南芥、白菜、甘蓝和甘蓝型油菜全基因组的蛋白质序列进行同源检索,在四个物种中分别鉴定得到了9个、13个、12个和14个VIT候选基因;并且系统发育分析显示,VIT基因家族在四个物种可分为3类.VIT基因的启动子区域富含LTRE、ABRE、MYC、MYB和W-box等逆境应答相关顺式作用元件.蛋白质特性分析结果表明VIT结构域中具有多个保守的疏水氨基酸位点.表达谱分析显示所有VIT基因在所选取的组织中都有不同程度的表达.同时,线性对应的同源基因表达模式既有相似之处,又存在分化,而串联重复基因簇表达模式基本一致.
為瞭解液泡鐵離子轉運蛋白(vacuolar iron transporter,VIT)編碼基因在蕓薹屬作物中的進化關繫,在已完成的擬南芥、白菜、甘藍以及甘藍型油菜全基因組測序基礎上,利用HMMER軟件根據VIT保守的結構域對擬南芥、白菜、甘藍和甘藍型油菜全基因組的蛋白質序列進行同源檢索,在四箇物種中分彆鑒定得到瞭9箇、13箇、12箇和14箇VIT候選基因;併且繫統髮育分析顯示,VIT基因傢族在四箇物種可分為3類.VIT基因的啟動子區域富含LTRE、ABRE、MYC、MYB和W-box等逆境應答相關順式作用元件.蛋白質特性分析結果錶明VIT結構域中具有多箇保守的疏水氨基痠位點.錶達譜分析顯示所有VIT基因在所選取的組織中都有不同程度的錶達.同時,線性對應的同源基因錶達模式既有相似之處,又存在分化,而串聯重複基因簇錶達模式基本一緻.
위료해액포철리자전운단백(vacuolar iron transporter,VIT)편마기인재예대속작물중적진화관계,재이완성적의남개、백채、감람이급감람형유채전기인조측서기출상,이용HMMER연건근거VIT보수적결구역대의남개、백채、감람화감람형유채전기인조적단백질서렬진행동원검색,재사개물충중분별감정득도료9개、13개、12개화14개VIT후선기인;병차계통발육분석현시,VIT기인가족재사개물충가분위3류.VIT기인적계동자구역부함LTRE、ABRE、MYC、MYB화W-box등역경응답상관순식작용원건.단백질특성분석결과표명VIT결구역중구유다개보수적소수안기산위점.표체보분석현시소유VIT기인재소선취적조직중도유불동정도적표체.동시,선성대응적동원기인표체모식기유상사지처,우존재분화,이천련중복기인족표체모식기본일치.
