生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2014年
3期
185-188
,共4页
BioPerl%E-Utilities%远程自动获取%抗逆基因
BioPerl%E-Utilities%遠程自動穫取%抗逆基因
BioPerl%E-Utilities%원정자동획취%항역기인
BioPerl%E-Utilities%Remote automatic download%Resistance gene
BioPerl对于现今大量的生物数据来说,具有很好的获取和处理能力,并且NCBI提供了可以直接访问它下属的 Entrez数据库(包括 PubMed)的编程接口,即E-Utilities。为了从NCBI中自动获取大量抗逆基因序列,使得生物抗逆基因二次数据库得以搭建,该文基于BioPerl 设计了远程自动获取大量抗逆基因序列的程序。此程序灵巧、精悍, Perl 语言强大的文本处理功能使程序能实现不同类型基因序列的远程获取。
BioPerl對于現今大量的生物數據來說,具有很好的穫取和處理能力,併且NCBI提供瞭可以直接訪問它下屬的 Entrez數據庫(包括 PubMed)的編程接口,即E-Utilities。為瞭從NCBI中自動穫取大量抗逆基因序列,使得生物抗逆基因二次數據庫得以搭建,該文基于BioPerl 設計瞭遠程自動穫取大量抗逆基因序列的程序。此程序靈巧、精悍, Perl 語言彊大的文本處理功能使程序能實現不同類型基因序列的遠程穫取。
BioPerl대우현금대량적생물수거래설,구유흔호적획취화처리능력,병차NCBI제공료가이직접방문타하속적 Entrez수거고(포괄 PubMed)적편정접구,즉E-Utilities。위료종NCBI중자동획취대량항역기인서렬,사득생물항역기인이차수거고득이탑건,해문기우BioPerl 설계료원정자동획취대량항역기인서렬적정서。차정서령교、정한, Perl 어언강대적문본처리공능사정서능실현불동류형기인서렬적원정획취。
BioPerl has a good performance to acquire and process large amounts of biological data. NCBI provides BioPerl interface to directly access its subordinate Entrez databases( including PubMed) , the E-Utilities. In order to get NCBI gene sequences automatically to build a secondly database for biological stress resistance genes, in this paper, We designed BioPerl based program to extract stress tolerance gene sequence program. This program is smart,lean, and with powerful text processing capability of Perl language,it can achieve different types of remote access to gene sequences for most of the researchers and provide a better way to gain a specific sequence.