CAJ | 학술논문

建兰(Cymbidium ensifolium)因基因组信息缺乏导致其分子标记的开发和利用受到一定限制.为了开发可靠、有效的分子标记,本研究对建兰转录组进行了大规模测序,并对此数据进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)搜索.根据基元、长度和所在位置选取80对genic-SSR进行引物设计;在12个建兰品种中进行扩增验证,结果发现,61对引物成功扩增,其中39对引物有多态性,其多态信息含量(polymorphism information content,PIG)范围为0.141～0.746,平均为0.348;对成功扩增的61个genic-SSR所在的独立基因(unigene)序列进行包括非冗余(non-redundant,NR)数据库、基因本体论(gene ontology,GO)、真核细胞的直系同源组(eukaryotic orthologous groups,KOGs)和代谢途径(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)的注释,发现52个genic-SSR所在的unigenes比对上了NR的序列、38个unigenes归入了25个GO词汇、18个归入了9个KOG分类,15对genic-SSR涉及到了14条KEGG途径.以上结果表明,来自于建兰转录组的39对引物不但具有一定的多态性,而且通过注释赋予了其许多基因功能的信息,是图谱构建和基因定位的理想分子标记.由于这些引物具有一定的通用性,还可用于整个兰属遗传多样性和群体结构的分析.
건란(Cymbidium ensifolium)인기인조신식결핍도치기분자표기적개발화이용수도일정한제.위료개발가고、유효적분자표기,본연구대건란전록조진행료대규모측서,병대차수거진행간단중복서렬(simple sequence repeat,SSR)수색.근거기원、장도화소재위치선취80대genic-SSR진행인물설계;재12개건란품충중진행확증험증,결과발현,61대인물성공확증,기중39대인물유다태성,기다태신식함량(polymorphism information content,PIG)범위위0.141～0.746,평균위0.348;대성공확증적61개genic-SSR소재적독립기인(unigene)서렬진행포괄비용여(non-redundant,NR)수거고、기인본체론(gene ontology,GO)、진핵세포적직계동원조(eukaryotic orthologous groups,KOGs)화대사도경(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)적주석,발현52개genic-SSR소재적unigenes비대상료NR적서렬、38개unigenes귀입료25개GO사회、18개귀입료9개KOG분류,15대genic-SSR섭급도료14조KEGG도경.이상결과표명,래자우건란전록조적39대인물불단구유일정적다태성,이차통과주석부여료기허다기인공능적신식,시도보구건화기인정위적이상분자표기.유우저사인물구유일정적통용성,환가용우정개란속유전다양성화군체결구적분석.