竹子研究汇刊
竹子研究彙刊
죽자연구회간
JOURNAL OF BAMBOO RESEARCH
2014年
3期
1-10,21
,共11页
毛竹%LTR反转录转座子%Ph-LTR1%活性%进化
毛竹%LTR反轉錄轉座子%Ph-LTR1%活性%進化
모죽%LTR반전록전좌자%Ph-LTR1%활성%진화
Phyllostachys heterocycla cv.pubescens%LTR Retro-transposons%Ph-LTR1%Activity%Evolution
LTR反转录转座子普遍存在于植物界中.为了进一步了解LTR反转录转座子及探索毛竹中存在的可能具有潜在活性的LTR反转录转座子,研究借助毛竹基因组草图数据库,通过LTR-structure软件分析得到一个典型LTR反转录转座子Ph-LTR1,并对其进行鉴定及插入时间的估算,结果表明Ph-LTR1属于Ty3-gypsy类反转录转座子,其两端长末端重复序列同源性高达98.78％,插入时间约为47.9万年,是一个自身具备转座条件的年轻反转录转座子,并且极有可能具有潜在活性.采用同源性搜索方法搜索到52条Ph-LTR1家族元件,并对这些元件结构及其所在基因组的位置进行分析,结果表明Ph-LTR1家族元件中存在大量缺失的元件,且Ph-LTR1家族元件偏向分布于远离基因的区域.研究结果为后续具有潜在活性的LTR反转录转座子转化拟南芥实验奠定了基础,Ph-LTR1家族元件结构及进化分析促进了对于LTR反转录转座子在基因组进化角色的认识与理解.
LTR反轉錄轉座子普遍存在于植物界中.為瞭進一步瞭解LTR反轉錄轉座子及探索毛竹中存在的可能具有潛在活性的LTR反轉錄轉座子,研究藉助毛竹基因組草圖數據庫,通過LTR-structure軟件分析得到一箇典型LTR反轉錄轉座子Ph-LTR1,併對其進行鑒定及插入時間的估算,結果錶明Ph-LTR1屬于Ty3-gypsy類反轉錄轉座子,其兩耑長末耑重複序列同源性高達98.78％,插入時間約為47.9萬年,是一箇自身具備轉座條件的年輕反轉錄轉座子,併且極有可能具有潛在活性.採用同源性搜索方法搜索到52條Ph-LTR1傢族元件,併對這些元件結構及其所在基因組的位置進行分析,結果錶明Ph-LTR1傢族元件中存在大量缺失的元件,且Ph-LTR1傢族元件偏嚮分佈于遠離基因的區域.研究結果為後續具有潛在活性的LTR反轉錄轉座子轉化擬南芥實驗奠定瞭基礎,Ph-LTR1傢族元件結構及進化分析促進瞭對于LTR反轉錄轉座子在基因組進化角色的認識與理解.
LTR반전록전좌자보편존재우식물계중.위료진일보료해LTR반전록전좌자급탐색모죽중존재적가능구유잠재활성적LTR반전록전좌자,연구차조모죽기인조초도수거고,통과LTR-structure연건분석득도일개전형LTR반전록전좌자Ph-LTR1,병대기진행감정급삽입시간적고산,결과표명Ph-LTR1속우Ty3-gypsy류반전록전좌자,기량단장말단중복서렬동원성고체98.78％,삽입시간약위47.9만년,시일개자신구비전좌조건적년경반전록전좌자,병차겁유가능구유잠재활성.채용동원성수색방법수색도52조Ph-LTR1가족원건,병대저사원건결구급기소재기인조적위치진행분석,결과표명Ph-LTR1가족원건중존재대량결실적원건,차Ph-LTR1가족원건편향분포우원리기인적구역.연구결과위후속구유잠재활성적LTR반전록전좌자전화의남개실험전정료기출,Ph-LTR1가족원건결구급진화분석촉진료대우LTR반전록전좌자재기인조진화각색적인식여리해.
