医用生物力学
醫用生物力學
의용생물역학
JOURNAL OF MEDICAL BIOMECHANICS
2013年
6期
606-614
,共9页
窦甜甜%吴建华%刘广建%方颖
竇甜甜%吳建華%劉廣建%方穎
두첨첨%오건화%류엄건%방영
分子动力学模拟%关键残基%受体%配体
分子動力學模擬%關鍵殘基%受體%配體
분자동역학모의%관건잔기%수체%배체
Molecular dynamics simulation%Key residues%Receptor%Ligand
目的 发展一种识别受体与配体相互作用中关键氨基酸残基的计算机新方法.方法 GPIbα/vWF-A1的晶体结构取自PDB数据库;利用自由分子动力学模拟,观察GPIbα/vWF-A1复合物结合面上的盐桥和氢键的形成和演化;利用分析计算得到的这些盐桥和氢键的生存率的高低,作为度量相互作用残基对之重要性的判据.结果 在GPIbα/vWF-A1的结合面上,GPIbα的21个残基和vWF-A1的21个残基显著参与了GPIbα和vWF-A1间的相互作用,这些残基中的20个已得到突变实验的证实.结论 该方法能较好地预报和识别受体-配体相互作用中的关键残基,并可为传统的氨基酸残基突变实验和抗凝血栓药物设计提供指导.
目的 髮展一種識彆受體與配體相互作用中關鍵氨基痠殘基的計算機新方法.方法 GPIbα/vWF-A1的晶體結構取自PDB數據庫;利用自由分子動力學模擬,觀察GPIbα/vWF-A1複閤物結閤麵上的鹽橋和氫鍵的形成和縯化;利用分析計算得到的這些鹽橋和氫鍵的生存率的高低,作為度量相互作用殘基對之重要性的判據.結果 在GPIbα/vWF-A1的結閤麵上,GPIbα的21箇殘基和vWF-A1的21箇殘基顯著參與瞭GPIbα和vWF-A1間的相互作用,這些殘基中的20箇已得到突變實驗的證實.結論 該方法能較好地預報和識彆受體-配體相互作用中的關鍵殘基,併可為傳統的氨基痠殘基突變實驗和抗凝血栓藥物設計提供指導.
목적 발전일충식별수체여배체상호작용중관건안기산잔기적계산궤신방법.방법 GPIbα/vWF-A1적정체결구취자PDB수거고;이용자유분자동역학모의,관찰GPIbα/vWF-A1복합물결합면상적염교화경건적형성화연화;이용분석계산득도적저사염교화경건적생존솔적고저,작위도량상호작용잔기대지중요성적판거.결과 재GPIbα/vWF-A1적결합면상,GPIbα적21개잔기화vWF-A1적21개잔기현저삼여료GPIbα화vWF-A1간적상호작용,저사잔기중적20개이득도돌변실험적증실.결론 해방법능교호지예보화식별수체-배체상호작용중적관건잔기,병가위전통적안기산잔기돌변실험화항응혈전약물설계제공지도.
