计算机应用与软件
計算機應用與軟件
계산궤응용여연건
COMPUTER APPLICATIONS AND SOFTWARE
2014年
10期
13-15,40
,共4页
并行计算%分子动力学%Gromacs%PME
併行計算%分子動力學%Gromacs%PME
병행계산%분자동역학%Gromacs%PME
Parallel computing%Molecular dynamics%Gromacs%Particle-Mesh Ewald(PME)
在分子动力学并行计算的过程中，正确地处理好并行规模与PME（Particle-Mesh Ewald）方法的任务分配，对于提高分子动力学的并行效率具有非常重要的影响。以常用的分子动力学软件Gromacs[1-3]为例，利用上海超级计算中心“魔方”超级计算平台，就不同并行规模与不同PME任务分配方式下的计算性能进行测试。发现并行能在一定的范围内显著的提高Gromacs的计算效率，但是当并行规模超过一定值后，计算效率反而下降。另一方面，当并行规模较小时，不设置PME专属节点的计算效率较高；但当并行规模较大时，合理的设置PME专属节点，能显著地提高计算的效率。这一结果能对从事分子动力学模拟的研究人员合理分配并行资源提供帮助。
在分子動力學併行計算的過程中，正確地處理好併行規模與PME（Particle-Mesh Ewald）方法的任務分配，對于提高分子動力學的併行效率具有非常重要的影響。以常用的分子動力學軟件Gromacs[1-3]為例，利用上海超級計算中心“魔方”超級計算平檯，就不同併行規模與不同PME任務分配方式下的計算性能進行測試。髮現併行能在一定的範圍內顯著的提高Gromacs的計算效率，但是噹併行規模超過一定值後，計算效率反而下降。另一方麵，噹併行規模較小時，不設置PME專屬節點的計算效率較高；但噹併行規模較大時，閤理的設置PME專屬節點，能顯著地提高計算的效率。這一結果能對從事分子動力學模擬的研究人員閤理分配併行資源提供幫助。
재분자동역학병행계산적과정중，정학지처리호병행규모여PME（Particle-Mesh Ewald）방법적임무분배，대우제고분자동역학적병행효솔구유비상중요적영향。이상용적분자동역학연건Gromacs[1-3]위례，이용상해초급계산중심“마방”초급계산평태，취불동병행규모여불동PME임무분배방식하적계산성능진행측시。발현병행능재일정적범위내현저적제고Gromacs적계산효솔，단시당병행규모초과일정치후，계산효솔반이하강。령일방면，당병행규모교소시，불설치PME전속절점적계산효솔교고；단당병행규모교대시，합리적설치PME전속절점，능현저지제고계산적효솔。저일결과능대종사분자동역학모의적연구인원합리분배병행자원제공방조。
Correctly dealing with the task allocation of both parallel scale and PME method in parallel molecular dynamics computation has critical influence on raising the parallel efficiency of molecular dynamics.We take the commonly used molecular dynamics software“Gromacs”for example,and make use the“MagicCube”supercomputer platform in Shanghai Supercomputer Center,carry out the tests on the computation performances under different parallel scales and different PME task allocation modes.It is found that the parallel can significantly raise compu-tation efficiency of Gromacs within a certain range.However,when the parallel scale exceeds a certain value,the computation efficiency of Gro-macs will decrease instead.On the other hand,when the parallel scale is small,the computation efficiency without setting the exclusive PME nodes will be higher;while in larger parallel scale,it is able to remarkably raise the computation efficiency by reasonably setting the exclusive nodes of PME.This result can provide helps for the researchers engaging in molecular dynamics simulation in reasonable allocating the parallel resources.
