南方农业学报
南方農業學報
남방농업학보
GUANGXI AGRICULTURAL SCIENCES
2014年
9期
1532-1538
,共7页
李崇奇%沈文涛%言普%黎小瑛%周鹏
李崇奇%瀋文濤%言普%黎小瑛%週鵬
리숭기%침문도%언보%려소영%주붕
巨桉%miRNA%木质形成%基因组序列%转录因子
巨桉%miRNA%木質形成%基因組序列%轉錄因子
거안%miRNA%목질형성%기인조서렬%전록인자
Eucalyptus grandis%miRNA%xylon formation%genome sequence%transcription factor
[目的]识别并筛选与巨桉木质形成相关的miRNA基因,为开展巨桉遗传品质改良奠定基础.[方法]将mirBase数据库中所有植物的3228条miRNA序列提交到psRobot网站进行茎环结构预测,然后应用BLAST-2.2.27+软件与rfam和pfam数据库比对后去除非miRNA序列,应用Bioedit分析miRNA序列及前体序列的碱基组成特点.[结果]共预测获得341条miRNA前体序列和129条成熟的miRNA序列,属于28个不同miRNA家族.预测的巨桉miRNA长度为18~23 bp.其中长度为21个碱基的miRNA数量最多,达76个,miRNA前体长度为71~221 bp,平均长度为123 bp.巨桉miRNA序列和其侧翼序列均存在碱基偏倚现象,5'端第1碱基尿嘧啶出现的频率高达62.8%,第19碱基以胞嘧啶出现的频率最高,miRNA下游侧翼序列第1碱基G出现的频率仅为9.1%.靶基因预测发现,与木质形成相关的miRNA有41个,其中34个调节与木质形成相关的转录因子,主要调控ARF、HD-ZIPIII、KAN、MYB和NAC;10个调节与木质形成相关的酶,主要调控肉桂酰CoA还原酶、肉桂醇脱氢酶、纤维素合成酶、过氧化物酶和漆酶.[结论]巨桉中存在41个与木质形成相关的miRNA基因,可应用于巨桉遗传品质的改良研究.
[目的]識彆併篩選與巨桉木質形成相關的miRNA基因,為開展巨桉遺傳品質改良奠定基礎.[方法]將mirBase數據庫中所有植物的3228條miRNA序列提交到psRobot網站進行莖環結構預測,然後應用BLAST-2.2.27+軟件與rfam和pfam數據庫比對後去除非miRNA序列,應用Bioedit分析miRNA序列及前體序列的堿基組成特點.[結果]共預測穫得341條miRNA前體序列和129條成熟的miRNA序列,屬于28箇不同miRNA傢族.預測的巨桉miRNA長度為18~23 bp.其中長度為21箇堿基的miRNA數量最多,達76箇,miRNA前體長度為71~221 bp,平均長度為123 bp.巨桉miRNA序列和其側翼序列均存在堿基偏倚現象,5'耑第1堿基尿嘧啶齣現的頻率高達62.8%,第19堿基以胞嘧啶齣現的頻率最高,miRNA下遊側翼序列第1堿基G齣現的頻率僅為9.1%.靶基因預測髮現,與木質形成相關的miRNA有41箇,其中34箇調節與木質形成相關的轉錄因子,主要調控ARF、HD-ZIPIII、KAN、MYB和NAC;10箇調節與木質形成相關的酶,主要調控肉桂酰CoA還原酶、肉桂醇脫氫酶、纖維素閤成酶、過氧化物酶和漆酶.[結論]巨桉中存在41箇與木質形成相關的miRNA基因,可應用于巨桉遺傳品質的改良研究.
[목적]식별병사선여거안목질형성상관적miRNA기인,위개전거안유전품질개량전정기출.[방법]장mirBase수거고중소유식물적3228조miRNA서렬제교도psRobot망참진행경배결구예측,연후응용BLAST-2.2.27+연건여rfam화pfam수거고비대후거제비miRNA서렬,응용Bioedit분석miRNA서렬급전체서렬적감기조성특점.[결과]공예측획득341조miRNA전체서렬화129조성숙적miRNA서렬,속우28개불동miRNA가족.예측적거안miRNA장도위18~23 bp.기중장도위21개감기적miRNA수량최다,체76개,miRNA전체장도위71~221 bp,평균장도위123 bp.거안miRNA서렬화기측익서렬균존재감기편의현상,5'단제1감기뇨밀정출현적빈솔고체62.8%,제19감기이포밀정출현적빈솔최고,miRNA하유측익서렬제1감기G출현적빈솔부위9.1%.파기인예측발현,여목질형성상관적miRNA유41개,기중34개조절여목질형성상관적전록인자,주요조공ARF、HD-ZIPIII、KAN、MYB화NAC;10개조절여목질형성상관적매,주요조공육계선CoA환원매、육계순탈경매、섬유소합성매、과양화물매화칠매.[결론]거안중존재41개여목질형성상관적miRNA기인,가응용우거안유전품질적개량연구.