生物技术通讯
生物技術通訊
생물기술통신
LETTERS IN BIOTECHNOLOGY
2014年
5期
605-610,615
,共7页
谭博文%周毅洁%黄婷婷%茆灿泉
譚博文%週毅潔%黃婷婷%茆燦泉
담박문%주의길%황정정%묘찬천
基质金属蛋白酶14%类血红素结构域%反义肽%对接%虚拟筛选
基質金屬蛋白酶14%類血紅素結構域%反義肽%對接%虛擬篩選
기질금속단백매14%류혈홍소결구역%반의태%대접%허의사선
matrix metalloproteinase 14%hemopexin-like domain%antisense peptide%docking%virtual screening
目的:确定基质金属蛋白酶14(MMP-14)类血红素结构域(HPX14)特异活性位点,虚拟筛选获得能与HPX14特异结合的短肽.方法:用metaPocket预测HPX14的活性口袋,多序列比对分析活性口袋的氨基酸残基特异性;基于M-I和R-B理论设计以特异活性位点为正义肽的反义肽库,并进行虚拟筛研究及结合特异性确定.结果:生物信息学分析确定了KGRGLTD为HPX14的特异活性位点,并构建了其1036条反义肽;通过2轮虚拟筛选,获得10条得分居前的与HPX 14结合较好的反义肽,它们与HPX14具有较高的亲和力,并可能影响MMP-14同源二聚体的形成和MMP-14活性的抑制;VSETAPF、IGEPPPF是对接打分最好的2条短肽,与HPX14的结合具有特异性.结论:KGRGLTD是HPX14的特异活性位点,虚拟筛选得到的VSETAPF、IGEPPPF等反义肽与HPX14具有较高的亲和力,这为基于MMP-14的HPX结构域的靶向小分子多肽先导药物的发现提供了重要的前期工作基础与新思路.
目的:確定基質金屬蛋白酶14(MMP-14)類血紅素結構域(HPX14)特異活性位點,虛擬篩選穫得能與HPX14特異結閤的短肽.方法:用metaPocket預測HPX14的活性口袋,多序列比對分析活性口袋的氨基痠殘基特異性;基于M-I和R-B理論設計以特異活性位點為正義肽的反義肽庫,併進行虛擬篩研究及結閤特異性確定.結果:生物信息學分析確定瞭KGRGLTD為HPX14的特異活性位點,併構建瞭其1036條反義肽;通過2輪虛擬篩選,穫得10條得分居前的與HPX 14結閤較好的反義肽,它們與HPX14具有較高的親和力,併可能影響MMP-14同源二聚體的形成和MMP-14活性的抑製;VSETAPF、IGEPPPF是對接打分最好的2條短肽,與HPX14的結閤具有特異性.結論:KGRGLTD是HPX14的特異活性位點,虛擬篩選得到的VSETAPF、IGEPPPF等反義肽與HPX14具有較高的親和力,這為基于MMP-14的HPX結構域的靶嚮小分子多肽先導藥物的髮現提供瞭重要的前期工作基礎與新思路.
목적:학정기질금속단백매14(MMP-14)류혈홍소결구역(HPX14)특이활성위점,허의사선획득능여HPX14특이결합적단태.방법:용metaPocket예측HPX14적활성구대,다서렬비대분석활성구대적안기산잔기특이성;기우M-I화R-B이론설계이특이활성위점위정의태적반의태고,병진행허의사연구급결합특이성학정.결과:생물신식학분석학정료KGRGLTD위HPX14적특이활성위점,병구건료기1036조반의태;통과2륜허의사선,획득10조득분거전적여HPX 14결합교호적반의태,타문여HPX14구유교고적친화력,병가능영향MMP-14동원이취체적형성화MMP-14활성적억제;VSETAPF、IGEPPPF시대접타분최호적2조단태,여HPX14적결합구유특이성.결론:KGRGLTD시HPX14적특이활성위점,허의사선득도적VSETAPF、IGEPPPF등반의태여HPX14구유교고적친화력,저위기우MMP-14적HPX결구역적파향소분자다태선도약물적발현제공료중요적전기공작기출여신사로.
