电脑知识与技术
電腦知識與技術
전뇌지식여기술
COMPUTER KNOWLEDGE AND TECHNOLOGY
2013年
4期
846-848
,共3页
蛋白质能量热点%特征选择%预测%降低维度
蛋白質能量熱點%特徵選擇%預測%降低維度
단백질능량열점%특정선택%예측%강저유도
protein energy hot spots%feature selection%prediction%dimension reduce
蛋白质是细胞中的主要功能分子,是生命的物质基础,蛋白质的功能是通过蛋白质之间相互作用而发挥的,而蛋白质相互作用界面上只有很少数的被称之为“能量热点”的残基对相互作用贡献了大部分的结合自由能,如何识别这些能量热点是目前生物信息学领域比较热门的研究问题.其中基于机器学习的蛋白质能量热点识别中,特征选择方法的使用对识别模型的性能影响非常大.该文中,笔者通过对蛋白质能量热点识别中的特征选择方法的研究现状进行全面的分析,指出还存在的一些问题及以后改进的思路和方向,为蛋白质能量热点预测准确率的提高奠定基础.
蛋白質是細胞中的主要功能分子,是生命的物質基礎,蛋白質的功能是通過蛋白質之間相互作用而髮揮的,而蛋白質相互作用界麵上隻有很少數的被稱之為“能量熱點”的殘基對相互作用貢獻瞭大部分的結閤自由能,如何識彆這些能量熱點是目前生物信息學領域比較熱門的研究問題.其中基于機器學習的蛋白質能量熱點識彆中,特徵選擇方法的使用對識彆模型的性能影響非常大.該文中,筆者通過對蛋白質能量熱點識彆中的特徵選擇方法的研究現狀進行全麵的分析,指齣還存在的一些問題及以後改進的思路和方嚮,為蛋白質能量熱點預測準確率的提高奠定基礎.
단백질시세포중적주요공능분자,시생명적물질기출,단백질적공능시통과단백질지간상호작용이발휘적,이단백질상호작용계면상지유흔소수적피칭지위“능량열점”적잔기대상호작용공헌료대부분적결합자유능,여하식별저사능량열점시목전생물신식학영역비교열문적연구문제.기중기우궤기학습적단백질능량열점식별중,특정선택방법적사용대식별모형적성능영향비상대.해문중,필자통과대단백질능량열점식별중적특정선택방법적연구현상진행전면적분석,지출환존재적일사문제급이후개진적사로화방향,위단백질능량열점예측준학솔적제고전정기출.
Protein-protein interactions play a vast role in biological processes. The understanding of protein-protein interface is a crucial bridge to link structure and function of biomolecular systems. It has been discovered that only a fraction of interface resi?dues, named“hot spots”,provide a great amount of energetic contributions to the binding free energy of protein-protein com?plexes. Probe hot spots in interfaces can therefore be the key step in protein-proteininteractions research. For machine learning methods to predict hot spots, the different strategies in the vital step of feature selection are concluded and analyed, then pointed the problems and the direction of improve,which will increase the accuracy of hot spots prediction.
