物理化学学报
物理化學學報
물이화학학보
ACTA PHYSICO-CHIMICA SINICA
2012年
10期
2390-2400
,共11页
黄阳玉%阳秀凤%李昊田%纪晓峰%程洪礼%赵蕴杰%郭大川%李林%刘士勇*
黃暘玉%暘秀鳳%李昊田%紀曉峰%程洪禮%趙蘊傑%郭大川%李林%劉士勇*
황양옥%양수봉%리호전%기효봉%정홍례%조온걸%곽대천%리림%류사용*
蛋白质-RNA相互作用%分子对接%界面设计%复合物结构预测
蛋白質-RNA相互作用%分子對接%界麵設計%複閤物結構預測
단백질-RNA상호작용%분자대접%계면설계%복합물결구예측
蛋白质-RNA之间的相互作用是蛋白质在细胞里面行使功能的重要方式之一.结构生物学家利用实验手段可以得到蛋白质-RNA复合物的三维结构,通过原子水平的晶体结构来解释蛋白质与RNA的识别过程.但实验取得蛋白质-RNA的复合物结构非常困难,耗钱、耗时,同时受限于其相互作用强度.因而利用理论的方法对蛋白质-RNA相互作用界面进行预测与设计在生物医学研究中十分重要.本文主要综述了近期蛋白质-RNA相互作用界面预测与设计方面的进展,包括以下几个方面:(1)蛋白质-RNA分子对接算法以及对接前后存在的构象变化的处理;(2)蛋白质-RNA识别机制的研究;(3)基于蛋白质-RNA相互作用界面的分子设计.蛋白质-RNA分子对接算法逐步完善将有助于我们对大量未知功能的蛋白质与RNA进行功能注释,而基于生物大分子相互作用界面的分子设计将在药物设计领域中有广阔的应用前景.
蛋白質-RNA之間的相互作用是蛋白質在細胞裏麵行使功能的重要方式之一.結構生物學傢利用實驗手段可以得到蛋白質-RNA複閤物的三維結構,通過原子水平的晶體結構來解釋蛋白質與RNA的識彆過程.但實驗取得蛋白質-RNA的複閤物結構非常睏難,耗錢、耗時,同時受限于其相互作用彊度.因而利用理論的方法對蛋白質-RNA相互作用界麵進行預測與設計在生物醫學研究中十分重要.本文主要綜述瞭近期蛋白質-RNA相互作用界麵預測與設計方麵的進展,包括以下幾箇方麵:(1)蛋白質-RNA分子對接算法以及對接前後存在的構象變化的處理;(2)蛋白質-RNA識彆機製的研究;(3)基于蛋白質-RNA相互作用界麵的分子設計.蛋白質-RNA分子對接算法逐步完善將有助于我們對大量未知功能的蛋白質與RNA進行功能註釋,而基于生物大分子相互作用界麵的分子設計將在藥物設計領域中有廣闊的應用前景.
단백질-RNA지간적상호작용시단백질재세포리면행사공능적중요방식지일.결구생물학가이용실험수단가이득도단백질-RNA복합물적삼유결구,통과원자수평적정체결구래해석단백질여RNA적식별과정.단실험취득단백질-RNA적복합물결구비상곤난,모전、모시,동시수한우기상호작용강도.인이이용이론적방법대단백질-RNA상호작용계면진행예측여설계재생물의학연구중십분중요.본문주요종술료근기단백질-RNA상호작용계면예측여설계방면적진전,포괄이하궤개방면:(1)단백질-RNA분자대접산법이급대접전후존재적구상변화적처리;(2)단백질-RNA식별궤제적연구;(3)기우단백질-RNA상호작용계면적분자설계.단백질-RNA분자대접산법축보완선장유조우아문대대량미지공능적단백질여RNA진행공능주석,이기우생물대분자상호작용계면적분자설계장재약물설계영역중유엄활적응용전경.
