CAJ | 학술논문

模体发现对于基因发现和理解基因调控关系有着重要的意义,它是生物信息学中最具挑战性的问题之一.提出了针对PMSP算法的3种数据划分方法,并在此基础上提出了基于MapReduce的模体发现算法(PMSPMR).针对不同难度的问题,在Hadoop集群上的实验结果表明,PMSPMR算法具有良好的可扩展性.特别地,对于难度较大的模体发现问题实例,PMSPMR算法的加速比接近于Hadoop集群中节点的数目.此外,对于真实数据的实验,PMSPMR算法能够识别出真核细胞和酿酒酵母中已知的转录调控模体,表明了算法的有效性
모체발현대우기인발현화리해기인조공관계유착중요적의의,타시생물신식학중최구도전성적문제지일.제출료침대PMSP산법적3충수거화분방법,병재차기출상제출료기우MapReduce적모체발현산법(PMSPMR).침대불동난도적문제,재Hadoop집군상적실험결과표명,PMSPMR산법구유량호적가확전성.특별지,대우난도교대적모체발현문제실례,PMSPMR산법적가속비접근우Hadoop집군중절점적수목.차외,대우진실수거적실험,PMSPMR산법능구식별출진핵세포화양주효모중이지적전록조공모체,표명료산법적유효성