计算机应用
計算機應用
계산궤응용
COMPUTER APPLICATION
2014年
11期
3117-3120
,共4页
束俊辉%张武%薛倩斐%谢江
束俊輝%張武%薛倩斐%謝江
속준휘%장무%설천비%사강
生物网络比对%并行网络比对%可扩展的蛋白质相互作用网络比对%并行排序%消息传递接口
生物網絡比對%併行網絡比對%可擴展的蛋白質相互作用網絡比對%併行排序%消息傳遞接口
생물망락비대%병행망락비대%가확전적단백질상호작용망락비대%병행배서%소식전체접구
biological networks alignment%parallel networks alignment%Scalable Protein Interaction Network Alignment (SPINAL)%parallel sorting%Message Passing Interface (MPI)
为有效降低生物网络比对算法的时间复杂度,提出一种基于可扩展的蛋白质相互作用网络比对(SPINAL)算法的消息传递接口(MPI)并行化实现方法.该方法将MPI并行化思想运用在SPINAL算法中,在多核环境中采用并行排序代替算法原本的排序方式,并结合负载均衡策略合理分配任务.实验结果表明,与未使用并行排序以及负载均衡策略相比,该方法在处理大规模生物网络比对时能有效地缩短计算时间,提高运算效率,对于不同组比对数据都有较为稳定的优化保障,具有良好的可扩展性.
為有效降低生物網絡比對算法的時間複雜度,提齣一種基于可擴展的蛋白質相互作用網絡比對(SPINAL)算法的消息傳遞接口(MPI)併行化實現方法.該方法將MPI併行化思想運用在SPINAL算法中,在多覈環境中採用併行排序代替算法原本的排序方式,併結閤負載均衡策略閤理分配任務.實驗結果錶明,與未使用併行排序以及負載均衡策略相比,該方法在處理大規模生物網絡比對時能有效地縮短計算時間,提高運算效率,對于不同組比對數據都有較為穩定的優化保障,具有良好的可擴展性.
위유효강저생물망락비대산법적시간복잡도,제출일충기우가확전적단백질상호작용망락비대(SPINAL)산법적소식전체접구(MPI)병행화실현방법.해방법장MPI병행화사상운용재SPINAL산법중,재다핵배경중채용병행배서대체산법원본적배서방식,병결합부재균형책략합리분배임무.실험결과표명,여미사용병행배서이급부재균형책략상비,해방법재처리대규모생물망락비대시능유효지축단계산시간,제고운산효솔,대우불동조비대수거도유교위은정적우화보장,구유량호적가확전성.
