CAJ | 학술논문

[目的]了解甘蔗内生固氮菌变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)DX120E ni基因的生物信息学,为揭示甘蔗内生固氮菌DX120E的固氮分子机理提供理论依据.[方法]根据NCBI上其他固氮菌株的nifH序列设计引物,对内生固氮菌Klebsiella variicola DX 120E菌进行PCR扩增;运用生物信息学方法对其核苷酸序列、编码的氨基酸序列进行分析,并对其蛋白结构进行预测.[结果]甘蔗内生固氮菌Klebsiella variicola DX120E nifH基因的ORF为882bp,GenBank登录号为KF732646.1,与Klebsiella pneumoniae 342、Klebsiella variicola At-22等6种固氮菌的nifH基因氨基酸序列同源性高达95.0％～99.0％.DX120E nifH蛋白与Klebsiella pneumoniae 342的亲缘关系最近,与非克雷伯氏菌固氮菌的亲缘关系较远.生物信息学分析显示,菌株DX 120E的nifH基因编码293个氨基酸,起特别重要的氨基酸残基非常保守.该基因在N端有1 1个氨基酸残基即酪氨酸—甘氨酸—赖氨酸—甘氨酸—甘氨酸—异亮氨酸—甘氨酸—赖氨酸—丝氨酸—苏氨酸—苏氨酸,其属于典型结合ATP的基序结构.nifH蛋白分子量为32.07kD,pI为4.92,为酸性蛋白;其具有2个ASN糖基化位点,1个CAMP磷酸化位点,6个CK2磷酸化位点,6个PKC磷酸化位点.疏水性预测显示该蛋白为亲水性蛋白,无信号肽.[结论]变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)DX120E nifH基因的推导氨基酸序列与克雷伯氏菌固氮菌属具有较高的同源性,该基因在甘蔗生物固氮过程中可能起重要作用.
[목적]료해감자내생고담균변서극뢰백씨균(Klebsiella variicola)DX120E ni기인적생물신식학,위게시감자내생고담균DX120E적고담분자궤리제공이론의거.[방법]근거NCBI상기타고담균주적nifH서렬설계인물,대내생고담균Klebsiella variicola DX 120E균진행PCR확증;운용생물신식학방법대기핵감산서렬、편마적안기산서렬진행분석,병대기단백결구진행예측.[결과]감자내생고담균Klebsiella variicola DX120E nifH기인적ORF위882bp,GenBank등록호위KF732646.1,여Klebsiella pneumoniae 342、Klebsiella variicola At-22등6충고담균적nifH기인안기산서렬동원성고체95.0％～99.0％.DX120E nifH단백여Klebsiella pneumoniae 342적친연관계최근,여비극뢰백씨균고담균적친연관계교원.생물신식학분석현시,균주DX 120E적nifH기인편마293개안기산,기특별중요적안기산잔기비상보수.해기인재N단유1 1개안기산잔기즉락안산—감안산—뢰안산—감안산—감안산—이량안산—감안산—뢰안산—사안산—소안산—소안산,기속우전형결합ATP적기서결구.nifH단백분자량위32.07kD,pI위4.92,위산성단백;기구유2개ASN당기화위점,1개CAMP린산화위점,6개CK2린산화위점,6개PKC린산화위점.소수성예측현시해단백위친수성단백,무신호태.[결론]변서극뢰백씨균(Klebsiella variicola)DX120E nifH기인적추도안기산서렬여극뢰백씨균고담균속구유교고적동원성,해기인재감자생물고담과정중가능기중요작용.