CAJ | 학술논문

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)属于雌配子异形染色体性别决定机制(ZW/ZZ),其W染色体包含的大量重复序列阻碍了W染色体序列的精确组装.目前只有物理图谱可以有效地解决由重复序列所造成的组装难题.本研究在已有物理图谱和遗传图谱的基础上,利用3D(three-dimensional)-BAC(bacterial artificial chromosome)池构建和PCR筛选策略进行了性别连锁标记的物理定位.首先将所选44个384孔板的BAC克隆进行接种和预培养,再接种到4个96孔深孔板中.将每两个384孔微孔板的BAC克隆分别汇集获得相应的板池、行池和列池,在提取DNA后,再将相应板池的部分DNA混合得到超级池.最终构建的3D-BAC池,共包括22个超级池和440个基池,覆盖半滑舌鳎基因组4.2倍,完成一个阳性超级池的基池筛选只需24个反应(20个BAC基池和4个对照).然后选用159个半滑舌鳎性别连锁标记对这些克隆池进行两步PCR筛选.在对超级池的筛选中,有142个标记获得阳性扩增.对这些阳性超级池进行基池筛选后,最终有100个标记得到准确定位.定位到半滑舌鳎物理图谱的84个重叠群(contigs)和20个单个克隆(singletons)上,共计1 760个克隆,包含有21 927个共享条带,物理长度为42.4Mb,覆盖半滑舌鳎基因组约5.3％;确定一个定位关系(contig与标记之间的)平均使用了2.2个克隆.在这些标记中,有17个同时定位到了两个或两个以上的contigs上,有11个标记同时定位到contigs和singletons上.另外有19个contigs定位了2个或2个以上标记.这些性别连锁标记的物理定位将有助于半滑舌鳎性染色体基因组序列的精确组装.
반활설탑(Cynoglossus semilaevis)속우자배자이형염색체성별결정궤제(ZW/ZZ),기W염색체포함적대량중복서렬조애료W염색체서렬적정학조장.목전지유물리도보가이유효지해결유중복서렬소조성적조장난제.본연구재이유물리도보화유전도보적기출상,이용3D(three-dimensional)-BAC(bacterial artificial chromosome)지구건화PCR사선책략진행료성별련쇄표기적물리정위.수선장소선44개384공판적BAC극륭진행접충화예배양,재접충도4개96공심공판중.장매량개384공미공판적BAC극륭분별회집획득상응적판지、행지화렬지,재제취DNA후,재장상응판지적부분DNA혼합득도초급지.최종구건적3D-BAC지,공포괄22개초급지화440개기지,복개반활설탑기인조4.2배,완성일개양성초급지적기지사선지수24개반응(20개BAC기지화4개대조).연후선용159개반활설탑성별련쇄표기대저사극륭지진행량보PCR사선.재대초급지적사선중,유142개표기획득양성확증.대저사양성초급지진행기지사선후,최종유100개표기득도준학정위.정위도반활설탑물리도보적84개중첩군(contigs)화20개단개극륭(singletons)상,공계1 760개극륭,포함유21 927개공향조대,물리장도위42.4Mb,복개반활설탑기인조약5.3％;학정일개정위관계(contig여표기지간적)평균사용료2.2개극륭.재저사표기중,유17개동시정위도료량개혹량개이상적contigs상,유11개표기동시정위도contigs화singletons상.령외유19개contigs정위료2개혹2개이상표기.저사성별련쇄표기적물리정위장유조우반활설탑성염색체기인조서렬적정학조장.