农业生物技术学报
農業生物技術學報
농업생물기술학보
JOURNAL OF AGRICULTURAL BIOTECHNOLOGY
2015年
1期
96-106
,共11页
陆欢%张丹%章炉军%王瑞娟%尚晓冬%谭琦
陸歡%張丹%章爐軍%王瑞娟%尚曉鼕%譚琦
륙환%장단%장로군%왕서연%상효동%담기
金针菇%简单重复序列(SSR)%群体结构%连锁不平衡(LD)%关联分析
金針菇%簡單重複序列(SSR)%群體結構%連鎖不平衡(LD)%關聯分析
금침고%간단중복서렬(SSR)%군체결구%련쇄불평형(LD)%관련분석
Flammulina velutipes%Simple sequence repeat (SSR)%Population structure%Linkage disequilibrium (LD)%Association analysis
金针菇(Flammulina velutipes)是一种重要的商业化栽培食用菌,为挖掘控制金针菇重要农艺性状的基因组区段,本研究以90份金针菇种质资源为实验材料,测定其原基期、菌柄直径、菌柄长度、菌盖直径和单瓶产量5个农艺性状,利用全基因组序列开发的95份多态简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记对供试材料进行基因组扫描,在分析实验材料的群体结构和连锁不平衡基础上,采用一般线性模型方法对5个农艺性状进行关联分析.结果表明,各供试材料的5个农艺性状均有极显著差异.95份多态SSR标记共检测到582个等位变异,平均每个位点的等位变异数为6.13个.标记多态信息含量(polymorphism information content,PIC)变化范围为0.204~0.818,平均为0.542.群体遗传结构分析将供试材料分为8个亚群体,群体内SSR位点间存在较高的连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD),不平衡程度D'值大于0.5的组合数占总组合数的33.01%.关联分析检测出28个标记与5个性状显著相关,其中原基期的关联标记有2个,菌柄直径的关联标记有12个,菌柄长度的关联标记有3个,菌盖直径的关联标记有9个,单瓶产量的关联标记有5个.关联SSR标记对表型变异解释率的变幅为5.11%~23.55%.研究表明,所选金针菇种质资源群体的遗传多样性以及连锁不平衡程度较高,适用于关联分析研究.本研究结果对金针菇核心种质资源库构建以及分子标记辅助育种具有参考价值.
金針菇(Flammulina velutipes)是一種重要的商業化栽培食用菌,為挖掘控製金針菇重要農藝性狀的基因組區段,本研究以90份金針菇種質資源為實驗材料,測定其原基期、菌柄直徑、菌柄長度、菌蓋直徑和單瓶產量5箇農藝性狀,利用全基因組序列開髮的95份多態簡單重複序列(simple sequence repeat,SSR)標記對供試材料進行基因組掃描,在分析實驗材料的群體結構和連鎖不平衡基礎上,採用一般線性模型方法對5箇農藝性狀進行關聯分析.結果錶明,各供試材料的5箇農藝性狀均有極顯著差異.95份多態SSR標記共檢測到582箇等位變異,平均每箇位點的等位變異數為6.13箇.標記多態信息含量(polymorphism information content,PIC)變化範圍為0.204~0.818,平均為0.542.群體遺傳結構分析將供試材料分為8箇亞群體,群體內SSR位點間存在較高的連鎖不平衡(linkage disequilibrium,LD),不平衡程度D'值大于0.5的組閤數佔總組閤數的33.01%.關聯分析檢測齣28箇標記與5箇性狀顯著相關,其中原基期的關聯標記有2箇,菌柄直徑的關聯標記有12箇,菌柄長度的關聯標記有3箇,菌蓋直徑的關聯標記有9箇,單瓶產量的關聯標記有5箇.關聯SSR標記對錶型變異解釋率的變幅為5.11%~23.55%.研究錶明,所選金針菇種質資源群體的遺傳多樣性以及連鎖不平衡程度較高,適用于關聯分析研究.本研究結果對金針菇覈心種質資源庫構建以及分子標記輔助育種具有參攷價值.
금침고(Flammulina velutipes)시일충중요적상업화재배식용균,위알굴공제금침고중요농예성상적기인조구단,본연구이90빈금침고충질자원위실험재료,측정기원기기、균병직경、균병장도、균개직경화단병산량5개농예성상,이용전기인조서렬개발적95빈다태간단중복서렬(simple sequence repeat,SSR)표기대공시재료진행기인조소묘,재분석실험재료적군체결구화련쇄불평형기출상,채용일반선성모형방법대5개농예성상진행관련분석.결과표명,각공시재료적5개농예성상균유겁현저차이.95빈다태SSR표기공검측도582개등위변이,평균매개위점적등위변이수위6.13개.표기다태신식함량(polymorphism information content,PIC)변화범위위0.204~0.818,평균위0.542.군체유전결구분석장공시재료분위8개아군체,군체내SSR위점간존재교고적련쇄불평형(linkage disequilibrium,LD),불평형정도D'치대우0.5적조합수점총조합수적33.01%.관련분석검측출28개표기여5개성상현저상관,기중원기기적관련표기유2개,균병직경적관련표기유12개,균병장도적관련표기유3개,균개직경적관련표기유9개,단병산량적관련표기유5개.관련SSR표기대표형변이해석솔적변폭위5.11%~23.55%.연구표명,소선금침고충질자원군체적유전다양성이급련쇄불평형정도교고,괄용우관련분석연구.본연구결과대금침고핵심충질자원고구건이급분자표기보조육충구유삼고개치.