广西医学
廣西醫學
엄서의학
GUANGXI MEDICAL JOURNAL
2014年
12期
1692-1694
,共3页
韦仕洋%张明铭%黄晶%林丽娜%徐红
韋仕洋%張明銘%黃晶%林麗娜%徐紅
위사양%장명명%황정%림려나%서홍
卵巢癌%化学治疗%耐药%基因%生物信息学
卵巢癌%化學治療%耐藥%基因%生物信息學
란소암%화학치료%내약%기인%생물신식학
Ovarian cancer%Chemotherapy%Resistance%Gene%Bioinformatics
目的:从分子水平揭示卵巢癌化疗耐药的发病机制,为进一步的临床研究提供参考。方法在公共基因芯片数据库GEO中找到卵巢癌相关基因芯片数据,使用Bioconductor R 2.13.0软件包对其进行分析,找到卵巢癌化疗铂类化疗耐药相关基因;利用STRING 9.1、DAVID 6.7在线工具对这些基因进行生物学分析。结果共获得283个差异表达基因,其中表达上调基因69个,下调表达基因214个。62个基因的蛋白有相互关系,确定ESR1、IGF1、SDC2、ADCY2、ADCY8、PTHLH、BMP等为关键基因。这些基因的功能主要涉及底物特异性通道活性、被动的跨膜转运活性,参与钙信号通路、MAPK 信号通路等。结论利用生物信息学的方法分析基因芯片数据可有效筛选并确定其中的关键基因,卵巢癌铂类化疗耐药的发生与基因分子水平表达变化有关,确定复发性卵巢癌相关基因的功能及其参与通路为研究卵巢癌耐药的治疗靶点提供了新的思路。
目的:從分子水平揭示卵巢癌化療耐藥的髮病機製,為進一步的臨床研究提供參攷。方法在公共基因芯片數據庫GEO中找到卵巢癌相關基因芯片數據,使用Bioconductor R 2.13.0軟件包對其進行分析,找到卵巢癌化療鉑類化療耐藥相關基因;利用STRING 9.1、DAVID 6.7在線工具對這些基因進行生物學分析。結果共穫得283箇差異錶達基因,其中錶達上調基因69箇,下調錶達基因214箇。62箇基因的蛋白有相互關繫,確定ESR1、IGF1、SDC2、ADCY2、ADCY8、PTHLH、BMP等為關鍵基因。這些基因的功能主要涉及底物特異性通道活性、被動的跨膜轉運活性,參與鈣信號通路、MAPK 信號通路等。結論利用生物信息學的方法分析基因芯片數據可有效篩選併確定其中的關鍵基因,卵巢癌鉑類化療耐藥的髮生與基因分子水平錶達變化有關,確定複髮性卵巢癌相關基因的功能及其參與通路為研究卵巢癌耐藥的治療靶點提供瞭新的思路。
목적:종분자수평게시란소암화료내약적발병궤제,위진일보적림상연구제공삼고。방법재공공기인심편수거고GEO중조도란소암상관기인심편수거,사용Bioconductor R 2.13.0연건포대기진행분석,조도란소암화료박류화료내약상관기인;이용STRING 9.1、DAVID 6.7재선공구대저사기인진행생물학분석。결과공획득283개차이표체기인,기중표체상조기인69개,하조표체기인214개。62개기인적단백유상호관계,학정ESR1、IGF1、SDC2、ADCY2、ADCY8、PTHLH、BMP등위관건기인。저사기인적공능주요섭급저물특이성통도활성、피동적과막전운활성,삼여개신호통로、MAPK 신호통로등。결론이용생물신식학적방법분석기인심편수거가유효사선병학정기중적관건기인,란소암박류화료내약적발생여기인분자수평표체변화유관,학정복발성란소암상관기인적공능급기삼여통로위연구란소암내약적치료파점제공료신적사로。
Objective To investigate the molecular pathogenesis in platinum-resistant ovarian cancer for further study.Methods The gene chip data were retrieval microarray ovarian cancer in Gene Expression Omnibus database and analyzed by Bioconductor R 2.13.0,and the related genes in platinum-resistant ovarian cancer were screened out .The genes were analyzed with on-line bioinformatics tools STRING 9.1 and DAVID 6.7.Results A total of 283 differentially expressed genes were screened out ,with 69 up-regulated genes and 214 down-regulated genes .62 proteins/genes existed interaction between each other .ESR1,IGF1,SDC2,ADCY2,ADCY8,PTHLH and BMP were identified as key genes in the pathogenesis of platinum-resistant ovarian cancer .The main biological processes might involve in substrate-specific channel activity , passive transmembrane transport activity , calcium signaling pathway and MAPK signaling pathway . Conclusion Bioinformatics methods can be adopted to screen out gene chip data effectively and then identify key genes .The occurrence and development of chemo-resistant ovarian cancer involves in changes in molecular level ,and the investigations on these genes′function and their signaling pathway may provide valuable data and theory basis into the molecular mechanisms for the treatment of chemo-resistant ovarian cancer .