北京生物医学工程
北京生物醫學工程
북경생물의학공정
BEIJING BIOMEDICAL ENGINEERING
2014年
6期
591-597
,共7页
聚类%操作分类单元%16S rRNA基因%微生物
聚類%操作分類單元%16S rRNA基因%微生物
취류%조작분류단원%16S rRNA기인%미생물
cluster%operational taxonomic unit%16 S rRNA gene%microbe
目的 随着高通量测序技术的发展,产生了大量的微生物16S rRNA基因序列数据.对该数据进行精确的微生物操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)划分,有助于了解环境中微生物的种群组成及分布.方法 本文在真实数据集与模拟数据集上,对现有的7种流行OTU单元聚类算法进行了对比研究,并分析了这些算法的优缺点及使用范围.结果 序列长度、测序深度对聚类结果均有影响.结论 相同的序列相似性阈值下,不同的聚类算法聚类结果差异较大,其中CROP算法的鲁棒性和抗噪性较好.
目的 隨著高通量測序技術的髮展,產生瞭大量的微生物16S rRNA基因序列數據.對該數據進行精確的微生物操作分類單元(operational taxonomic unit,OTU)劃分,有助于瞭解環境中微生物的種群組成及分佈.方法 本文在真實數據集與模擬數據集上,對現有的7種流行OTU單元聚類算法進行瞭對比研究,併分析瞭這些算法的優缺點及使用範圍.結果 序列長度、測序深度對聚類結果均有影響.結論 相同的序列相似性閾值下,不同的聚類算法聚類結果差異較大,其中CROP算法的魯棒性和抗譟性較好.
목적 수착고통량측서기술적발전,산생료대량적미생물16S rRNA기인서렬수거.대해수거진행정학적미생물조작분류단원(operational taxonomic unit,OTU)화분,유조우료해배경중미생물적충군조성급분포.방법 본문재진실수거집여모의수거집상,대현유적7충류행OTU단원취류산법진행료대비연구,병분석료저사산법적우결점급사용범위.결과 서렬장도、측서심도대취류결과균유영향.결론 상동적서렬상사성역치하,불동적취류산법취류결과차이교대,기중CROP산법적로봉성화항조성교호.
