中国人兽共患病学报
中國人獸共患病學報
중국인수공환병학보
CHINESE JOURNAL OF ZOONOSES
2015年
1期
21-25
,共5页
巨艳%李子华%王娅娜%赵嘉庆%朱明星%李君良%赵巍
巨豔%李子華%王婭娜%趙嘉慶%硃明星%李君良%趙巍
거염%리자화%왕아나%조가경%주명성%리군량%조외
原头蚴%转录组学%生物信息分析%表达谱
原頭蚴%轉錄組學%生物信息分析%錶達譜
원두유%전록조학%생물신식분석%표체보
protoscolex%transcriptome%biological information analysis%expression profile
目的 通过对细粒棘球绦虫原头蚴的mRNA的测序及表达谱分析,初步建立起细粒棘球绦虫原头蚴的表达谱数据库,了解细粒棘球绦虫原头蚴基因表达及蛋白构成情况,为全面了解细粒棘球绦虫原头蚴生物学特征及寄生虫与宿主之间的关系奠定基础并为新的诊断方法、筛选新的药物靶点和疫苗候选分子选择提供理论依据.方法 用TRIZOL法提取人源细粒棘球绦虫原头蚴的总RNA,构建细粒棘球蚴的转录组测序文库,Illumina的solexa测序平台对RNA进行测序并进行生物信息学分析.结果 测序结果去杂后得到2G数据,通过从头拼接我们得到18 569个contig,这些contig的总长度为71 329 bp,contig平均长度为384 bp,最小的contig长度为201 bp,最大contig长度为4 618 bp,N50(覆盖50％所有核苷酸的最大序列重叠群的长度)为384 bp.预测得到unigene为9 029条,将这9 029条基因与NCBI的nr数据库做blast比对,最终有7 441条unigene具有同源比对信息.结论 根据GO分析可以发现,共有10 550条unigene与数据库中的基因有较高同源性,且较多的unigene可以与多条基因相对应,一共建立了10 550条对应关系.通过与KEGG数据库进行比对分析,细粒棘球绦虫原头蚴的转录组中有4 731条unigene得到注释,这4 731个得到注释的基因位于241条代谢通路中,这些代谢通路分别与代谢过程,基因信息过程,环境相关过程,细胞过程及与人类疾病相关.
目的 通過對細粒棘毬縚蟲原頭蚴的mRNA的測序及錶達譜分析,初步建立起細粒棘毬縚蟲原頭蚴的錶達譜數據庫,瞭解細粒棘毬縚蟲原頭蚴基因錶達及蛋白構成情況,為全麵瞭解細粒棘毬縚蟲原頭蚴生物學特徵及寄生蟲與宿主之間的關繫奠定基礎併為新的診斷方法、篩選新的藥物靶點和疫苗候選分子選擇提供理論依據.方法 用TRIZOL法提取人源細粒棘毬縚蟲原頭蚴的總RNA,構建細粒棘毬蚴的轉錄組測序文庫,Illumina的solexa測序平檯對RNA進行測序併進行生物信息學分析.結果 測序結果去雜後得到2G數據,通過從頭拼接我們得到18 569箇contig,這些contig的總長度為71 329 bp,contig平均長度為384 bp,最小的contig長度為201 bp,最大contig長度為4 618 bp,N50(覆蓋50％所有覈苷痠的最大序列重疊群的長度)為384 bp.預測得到unigene為9 029條,將這9 029條基因與NCBI的nr數據庫做blast比對,最終有7 441條unigene具有同源比對信息.結論 根據GO分析可以髮現,共有10 550條unigene與數據庫中的基因有較高同源性,且較多的unigene可以與多條基因相對應,一共建立瞭10 550條對應關繫.通過與KEGG數據庫進行比對分析,細粒棘毬縚蟲原頭蚴的轉錄組中有4 731條unigene得到註釋,這4 731箇得到註釋的基因位于241條代謝通路中,這些代謝通路分彆與代謝過程,基因信息過程,環境相關過程,細胞過程及與人類疾病相關.
목적 통과대세립극구조충원두유적mRNA적측서급표체보분석,초보건립기세립극구조충원두유적표체보수거고,료해세립극구조충원두유기인표체급단백구성정황,위전면료해세립극구조충원두유생물학특정급기생충여숙주지간적관계전정기출병위신적진단방법、사선신적약물파점화역묘후선분자선택제공이론의거.방법 용TRIZOL법제취인원세립극구조충원두유적총RNA,구건세립극구유적전록조측서문고,Illumina적solexa측서평태대RNA진행측서병진행생물신식학분석.결과 측서결과거잡후득도2G수거,통과종두병접아문득도18 569개contig,저사contig적총장도위71 329 bp,contig평균장도위384 bp,최소적contig장도위201 bp,최대contig장도위4 618 bp,N50(복개50％소유핵감산적최대서렬중첩군적장도)위384 bp.예측득도unigene위9 029조,장저9 029조기인여NCBI적nr수거고주blast비대,최종유7 441조unigene구유동원비대신식.결론 근거GO분석가이발현,공유10 550조unigene여수거고중적기인유교고동원성,차교다적unigene가이여다조기인상대응,일공건립료10 550조대응관계.통과여KEGG수거고진행비대분석,세립극구조충원두유적전록조중유4 731조unigene득도주석,저4 731개득도주석적기인위우241조대사통로중,저사대사통로분별여대사과정,기인신식과정,배경상관과정,세포과정급여인류질병상관.
