肾脏病与透析肾移植杂志
腎髒病與透析腎移植雜誌
신장병여투석신이식잡지
CHINESE JOURNAL OF NEPHROLOGY,DIALYSIS & TRANSPLANTATION
2015年
2期
107-112
,共6页
孟娇%李丽民%刘志红%曾科
孟嬌%李麗民%劉誌紅%曾科
맹교%리려민%류지홍%증과
肾组织%Solexa测序%miR-196a%miR-196b
腎組織%Solexa測序%miR-196a%miR-196b
신조직%Solexa측서%miR-196a%miR-196b
kidney%Solexa sequencing%miR-196a%miR-196b
目的:应用Solexa技术分析和筛选出肾脏特异性表达microRNA (miRNA),同时利用生物信息学技术预测特异表达miRNA的靶基因并对其功能进行初步分析,探讨特异表达miRNA在肾脏中的功能. 方法:选取8周龄C57/B6雄性小鼠,取其全身11个组织器官,提取总RNA并从中分离小分子量RNA进行Solexa测序,筛选出相较其他组织器官,在肾脏中表达最为特异的miRNA;然后,利用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)技术对筛选出的肾脏特异性表达miRNA进一步验证;最后,通过生物信息学技术对其进行靶基因预测,并对交集的基因集合分别进行GO分析和KEGG通路分析. 结果:Solexa测序结果显示在正常小鼠中miR-196a和miR-196b在肾脏最特异性高表达.qRT-PCR验证了miR-196a和miR-196b在小鼠11个组织器官中的表达分布情况,定量结果与测序结果相一致.TargetScan6.2和PicTar两个软件预测到交集靶基因74个.GO分析显示miR-196a/b的预测靶基因集合显著富集在血小板源生长因子结合活性、转录调控活性、细胞外基质的结构组成等分子功能上并参与调控代谢、发育等生物学过程(P＜0.01).信号转导通路显著富集于促性腺激素释放激素信号通路、细胞外基质受体相互作用等多个信号通路和脑胶质瘤、前列腺癌等疾病通路中(P＜0.05). 结论:miR-196a/b在肾脏中特异性高表达,靶基因功能广泛,与细胞代谢、生长发育等密切相关.
目的:應用Solexa技術分析和篩選齣腎髒特異性錶達microRNA (miRNA),同時利用生物信息學技術預測特異錶達miRNA的靶基因併對其功能進行初步分析,探討特異錶達miRNA在腎髒中的功能. 方法:選取8週齡C57/B6雄性小鼠,取其全身11箇組織器官,提取總RNA併從中分離小分子量RNA進行Solexa測序,篩選齣相較其他組織器官,在腎髒中錶達最為特異的miRNA;然後,利用實時熒光定量逆轉錄聚閤酶鏈反應(qRT-PCR)技術對篩選齣的腎髒特異性錶達miRNA進一步驗證;最後,通過生物信息學技術對其進行靶基因預測,併對交集的基因集閤分彆進行GO分析和KEGG通路分析. 結果:Solexa測序結果顯示在正常小鼠中miR-196a和miR-196b在腎髒最特異性高錶達.qRT-PCR驗證瞭miR-196a和miR-196b在小鼠11箇組織器官中的錶達分佈情況,定量結果與測序結果相一緻.TargetScan6.2和PicTar兩箇軟件預測到交集靶基因74箇.GO分析顯示miR-196a/b的預測靶基因集閤顯著富集在血小闆源生長因子結閤活性、轉錄調控活性、細胞外基質的結構組成等分子功能上併參與調控代謝、髮育等生物學過程(P＜0.01).信號轉導通路顯著富集于促性腺激素釋放激素信號通路、細胞外基質受體相互作用等多箇信號通路和腦膠質瘤、前列腺癌等疾病通路中(P＜0.05). 結論:miR-196a/b在腎髒中特異性高錶達,靶基因功能廣汎,與細胞代謝、生長髮育等密切相關.
목적:응용Solexa기술분석화사선출신장특이성표체microRNA (miRNA),동시이용생물신식학기술예측특이표체miRNA적파기인병대기공능진행초보분석,탐토특이표체miRNA재신장중적공능. 방법:선취8주령C57/B6웅성소서,취기전신11개조직기관,제취총RNA병종중분리소분자량RNA진행Solexa측서,사선출상교기타조직기관,재신장중표체최위특이적miRNA;연후,이용실시형광정량역전록취합매련반응(qRT-PCR)기술대사선출적신장특이성표체miRNA진일보험증;최후,통과생물신식학기술대기진행파기인예측,병대교집적기인집합분별진행GO분석화KEGG통로분석. 결과:Solexa측서결과현시재정상소서중miR-196a화miR-196b재신장최특이성고표체.qRT-PCR험증료miR-196a화miR-196b재소서11개조직기관중적표체분포정황,정량결과여측서결과상일치.TargetScan6.2화PicTar량개연건예측도교집파기인74개.GO분석현시miR-196a/b적예측파기인집합현저부집재혈소판원생장인자결합활성、전록조공활성、세포외기질적결구조성등분자공능상병삼여조공대사、발육등생물학과정(P＜0.01).신호전도통로현저부집우촉성선격소석방격소신호통로、세포외기질수체상호작용등다개신호통로화뇌효질류、전렬선암등질병통로중(P＜0.05). 결론:miR-196a/b재신장중특이성고표체,파기인공능엄범,여세포대사、생장발육등밀절상관.
