医学研究杂志
醫學研究雜誌
의학연구잡지
JOURNAL OF MEDICAL RESEARCH
2015年
3期
31-37
,共7页
赵玉娇%黄新伟%李多%邱丽娟%孙强明
趙玉嬌%黃新偉%李多%邱麗娟%孫彊明
조옥교%황신위%리다%구려연%손강명
埃博拉病毒%包膜糖蛋白%密码子偏爱性
埃博拉病毒%包膜糖蛋白%密碼子偏愛性
애박랍병독%포막당단백%밀마자편애성
Ebola virus%Glycoprotein%Codon bias
目的 对从2014年西非埃博拉暴发地区感染者分离的4个埃博拉病毒株基因组包膜糖蛋白编码基因进行密码子偏爱性分析,为埃博拉病毒包膜蛋白基因表达中宿主系统选择和密码子优化提供参考.方法 通过GeneBank搜索近期公布的分离自西非地区的4个埃博拉病毒株全基因组序列,获得编码包膜糖蛋白GP1和GP2的基因序列及蛋白编码序列.采用EM-BOSS在线预测埃博拉病毒包膜糖蛋白的密码子偏爱性,并通过与Codon Usage Database中大肠杆菌、酵母及人的密码子使用频率进行比较,筛选最适埃博拉病毒GP蛋白体外表达的宿主物种,并提供相应密码子优化方案.结果 埃博拉病毒基因组、GP1和GP2的Nc值均在57左右,CAI值均在0.7左右,表明其密码子偏爱性较均一,且基因的表达水平相对较高;编码GP1蛋白F、H、M、N、W等氨基酸和GP2蛋白D、K、N、Q、Y等氨基酸中不同密码子使用频率有较大差异;GP1和GP2蛋白密码子偏爱性有共同之处也存在明显差异.计算σGP/E.coli、σGP/Yeast、σGP/Human的比值,结果显示GP1中＞2.0或＜0.5的数量分别为24、20和19个;GP2中的数量分别为26、30和19,表明埃博拉病毒GP1和GP2蛋白与人的密码子使用频率较为接近.结论 以密码子偏爱性分析作为辅助手段,分析出此次流行于西非的埃博拉病毒包膜糖蛋白的密码子偏爱性及最适表达物种及密码子优化方案,为体外表达GP1和GP2蛋白,从而研发埃博拉病毒检测试剂、亚单位疫苗及基因工程抗体提供参考.
目的 對從2014年西非埃博拉暴髮地區感染者分離的4箇埃博拉病毒株基因組包膜糖蛋白編碼基因進行密碼子偏愛性分析,為埃博拉病毒包膜蛋白基因錶達中宿主繫統選擇和密碼子優化提供參攷.方法 通過GeneBank搜索近期公佈的分離自西非地區的4箇埃博拉病毒株全基因組序列,穫得編碼包膜糖蛋白GP1和GP2的基因序列及蛋白編碼序列.採用EM-BOSS在線預測埃博拉病毒包膜糖蛋白的密碼子偏愛性,併通過與Codon Usage Database中大腸桿菌、酵母及人的密碼子使用頻率進行比較,篩選最適埃博拉病毒GP蛋白體外錶達的宿主物種,併提供相應密碼子優化方案.結果 埃博拉病毒基因組、GP1和GP2的Nc值均在57左右,CAI值均在0.7左右,錶明其密碼子偏愛性較均一,且基因的錶達水平相對較高;編碼GP1蛋白F、H、M、N、W等氨基痠和GP2蛋白D、K、N、Q、Y等氨基痠中不同密碼子使用頻率有較大差異;GP1和GP2蛋白密碼子偏愛性有共同之處也存在明顯差異.計算σGP/E.coli、σGP/Yeast、σGP/Human的比值,結果顯示GP1中＞2.0或＜0.5的數量分彆為24、20和19箇;GP2中的數量分彆為26、30和19,錶明埃博拉病毒GP1和GP2蛋白與人的密碼子使用頻率較為接近.結論 以密碼子偏愛性分析作為輔助手段,分析齣此次流行于西非的埃博拉病毒包膜糖蛋白的密碼子偏愛性及最適錶達物種及密碼子優化方案,為體外錶達GP1和GP2蛋白,從而研髮埃博拉病毒檢測試劑、亞單位疫苗及基因工程抗體提供參攷.
목적 대종2014년서비애박랍폭발지구감염자분리적4개애박랍병독주기인조포막당단백편마기인진행밀마자편애성분석,위애박랍병독포막단백기인표체중숙주계통선택화밀마자우화제공삼고.방법 통과GeneBank수색근기공포적분리자서비지구적4개애박랍병독주전기인조서렬,획득편마포막당단백GP1화GP2적기인서렬급단백편마서렬.채용EM-BOSS재선예측애박랍병독포막당단백적밀마자편애성,병통과여Codon Usage Database중대장간균、효모급인적밀마자사용빈솔진행비교,사선최괄애박랍병독GP단백체외표체적숙주물충,병제공상응밀마자우화방안.결과 애박랍병독기인조、GP1화GP2적Nc치균재57좌우,CAI치균재0.7좌우,표명기밀마자편애성교균일,차기인적표체수평상대교고;편마GP1단백F、H、M、N、W등안기산화GP2단백D、K、N、Q、Y등안기산중불동밀마자사용빈솔유교대차이;GP1화GP2단백밀마자편애성유공동지처야존재명현차이.계산σGP/E.coli、σGP/Yeast、σGP/Human적비치,결과현시GP1중＞2.0혹＜0.5적수량분별위24、20화19개;GP2중적수량분별위26、30화19,표명애박랍병독GP1화GP2단백여인적밀마자사용빈솔교위접근.결론 이밀마자편애성분석작위보조수단,분석출차차류행우서비적애박랍병독포막당단백적밀마자편애성급최괄표체물충급밀마자우화방안,위체외표체GP1화GP2단백,종이연발애박랍병독검측시제、아단위역묘급기인공정항체제공삼고.
